Thanh toán là một nghiệp vụ quan trọng và cuối cùng của hợp đồng nhập khẩu. Trong kinh doanh thương mại hiện nay có rất nhiều phương thức thanh toán khác nhau như: phương thức thanh toán nhờ thu, phương thức điện chuyển tiền, phương thức tín dụng chứng từ. Đối với chi nhánh tại Hà Nội phương thức thường được sử dụng là phương thức tín dụng chứng từ (L/C) và phương thức điện chuyển tiền (T/T).
Phương thức tín dụng chứng từ được công ty sử dụng phổ biến hơn khoảng 80% số các hợp đồng nhập khẩu, với ưu điểm là độ an toàn cao, với những bạn hàng lần đầu làm ăn, không thường xuyên hoặc giá trị đơn hàng lớn thì chi nhánh sẽ sử dụng L/C để thanh toán. Với hợp đồng quy định thanh toán bằng L/C, cán bộ nhập khẩu phải làm đơn xin mở L/C gửi đến ngân hàng phục vụ mình. Chi nhánh thường quan hệ với các ngân hàng: Eximbank Hai Bà Trưng, Techcombank, Sea Bank, Vibank, Mbank,… Khi mở L/C phải căn cứ trên hợp đồng ngoại thương như: Loại L/C, giá trị hợp đồng, bộ chứng từ thanh toán, thời gian thanh toán. Khi mở L/C chi nhánh phải làm đơn xin mua ngoại tệ để mua ngoại tệ ký quỹ cho việc mở L/C. Do có mối quan hệ làm ăn lâu năm với các ngân hàng nên chi nhánh đã có rất nhiều thuận lợi trong quá trình thanh toán. Chi nhánh thường sử dụng phương thức thanh toán tín dụng chứng từ không hủy ngang. Chi nhánh chỉ phải thanh toán tiền hàng kho khi đã có bộ chứng từ giao hàng phù hợp, chi phí mở và thanh toán L/C thấp khoảng từ 0,3% - 0,5% giá trị hợp đồng. Phương thức này được sử dụng phổ biến hiện nay trong thanh toán quốc tế vì ít tốn kém chi phí và thuận lợi cho cả hai bên (vì người mua cũng đảm bảo nhận được hàng và người bán cũng đảm bảo thu được tiền).
Với phương thức T/T có ưu điểm là thanh toán nhanh, đơn giản, thủ tục gọn nhẹ, nhưng có nhược điểm là không an toàn đối với hai bên. Phương thức này chi
thức này, hai bên sẽ thỏa thuận về thời gian phải chuyển tiền đến tài khoản của người bán, đồng thời với phương thức này thì người mua sẽ phải kỹ quỹ trước khoảng 60% giá trị hợp đồng.