+ Chưa có nhận thức đúng của tất cả mọi người, mọi ngành, mọi cấp về vấn đề bồi thường thiệt hại khi Nhà nước thu hồi đất cả trong chính sách và tổ chức thực hiện, dẫn đến việc vận dụng Nghị định 22/CP khác nhau.
+Sự thiếu đồng bộ trong chính sách của Nhà nước.
Vấn đề bồi thường thiệt hại và tái định cư là vấn đề kinh tế - xã hội tổng hợp, liên quan đến nhiều mặt của đời sống xã hội, bị chi phối và phụ thuộc vào nhiều quy định tại các văn bản pháp luật hiện hành như luật đất đai, Bộ luật dân sự, luật ngân sách. Luật lao động, Luật khiếu nại tố cáo....trong khi các quy định tại các luật và văn bản của Chính phủ lại chưa đồng bộ, đầy đủ, cụ thể, một số quy định giữa các luật và văn bản của Chính phủ còn có sự khác biệt mâu thuẫn như Nghị đinh 52/CP, Nghị định 89/CP trước đây và Nghị định 38/2000/NĐ-CP hiện nay...chưa thống nhất với Nghị định 22/CP về thời điểm thế nào gọi là sử dụng đất ổn định, chưa thống nhất về trách nhiệm tổ chức thực hiện bồi thường thiệt hại, trách nhiệm chi trả tiền bồi thường, trách nhiệm xây dựng cơ sở hạ tầng khu tái định cư.
+Hồ sơ ban đầu về đất đai, tài sản để xác định quyền sử dụng đất đối với từng loại đất cụ thể và tính hợp pháp của tài sản còn quá thiếu. Việc chậm tiến hành lập sổ địa chính và cấp giấy chứng nhậnQSD đất ở đã dẫn đến thiếu cơ sở khi tiến hành xem xét bồi thường cho từng đối tượng sử dụng đât cụ thể.
+ Đội ngũ cán bộ thực hiện công tác bồi thường,Giải phóng mặt bằng ở hầu hết tất cả các địa phương là kiêm nhiệm, cán bộ làm công tác này của dự án đều yếu và thiếu, trong khi công tác tập huấn, bồi dưỡng kiến thức còn chậm và không thường xuyên cũng đã hạn chế để tổ chức thực hiện công tác bồi thường thiệt hại,Giải phóng mặt bằng .
Vấn đề bồi thường thiệt hại, Giải phóng mặt bằng là một vấn đề mang tính thời sự, có tác động trực tiếp tới lợi ích của người bị thu hồi đất, chủ đầu tư và Nhà nước nên những tồn tại, thiếu sót được xuất phát từ rất nhiều nguyên nhân, trên đây mới chỉ là một số nguyên nhân chủ yếu cần được sửa chữa và bổ sung ngay.