Hiện nay mâu thuẫn phát sinh trong kênh không nhiều nhưng nó cũng phần nào ảnh hưởng đến hoạt động phân phối của Công ty,nếu không có những biện pháp sử lý thì dễ có thể phát sinh những mâu thuẫn khác. Các nhân viên quản lý giám sát từng khu vực thị trường phải tích cực động viên nhắc nhở giải quyết các mâu thuẫn của các thành viên kênh trên cơ sở bàn
trên cơ sở đó để giải quyết những mâu thuẫn.
Khi nảy sinh những mâu thuẫn các nhân viên quản lý phải có những báo cáo kịp thời. Có những biện pháp xử phạt thích đáng với những đại lý gây ra mâu thuẫn, tích cực phát hiện và nhắc nhở những sai phạm của các đại lý để họ sửa chữa. Đưa ra những hình thức khen thưởng đối với những đại lý không có sai phạm gì.
Kiểm soát chặt chẽ hoạt động của các đại lý đảm bảo quyền lợi mà đại lý dành cho người tiêu dùng.
Công ty cần kiểm soát trách nhiệm của các thành viên và chỉ rõ trong hợp đồng. Mỗi thành viên chỉ chịu trách nhiêm nhất định và phải được viết rõ trong điều khoản hợp đồng. Nếu có sự thay đổi thì đính thêm phụ lục hợp đồng cho phù hợp với từng thời điểm. Đây là cách để chuyên môn hóa hoạt động của từng thành viên và đem lại năng suất cao trong lâu dài. Những nhà bán buôn chỉ chuyên trách nhiệm vụ phân phối hàng cho các nhà bán lẻ còn những nhà bán lẻ chỉ chịu trách nhiệm phân phối cho người tiêu dùng cuối cùng. Việc phân phối hàng hoá của nhà bán buôn cho nhiều nhà bán lẻ cùng một lúc cho phép Công ty chỉ phải cung cấp hàng hoá cho một nhà bán buôn mà thôi. Điều này làm cho khâu vận chuyển dễ dàng hơn, đáp ứng nhu cầu thị trường nhanh chóng.
Nếu mật độ phân phối của khu vực nào đó quá dày, Công ty cần phải lựa chọn giữ lại thành viên tốt hơn. Tại những khu vực thị trường có số lượng đại lý quá nhiều Công ty cần giảm bớt số lượng đại lý ở đây điều này sẽ giúp cho các đại lý tăng số lượng tiêu thụ chánh sự chồng chéo và những mâu thuẫn nảy sinh ảnh hưởng tới hoạt động của kênh. Những việc giảm bớt một số đại lý cần phải nghiên cứu kỹ lưỡng chánh việc giảm quá nhiều. Việc tăng hay giảm số lượng các đại lý phải căn cứ vào từng khu vực thị trường, nhu cầu của khu vực thị trường đó.
