Bên cạnh những thành tựu đạt được trong công tác TTKDTM vẫn cũn một số tồn tại như sau:
- Chuyển tiền nhanh nhưng cũn chậm ở chỗ: Từ khi hoàn hệ thống ngõn hàng ĐT&PT chi nhánh Quang Trung triển khai công tác thanh toỏn tập trung toàn nghành thỡ nghiệp vụ chuyển tiền đó được thực hiện nhanh chóng, chính xác phục vụ tốt nhu cầu thanh toán của các đơn vị và cá nhân. Do đó thu hút được nhiều khách hàng nhất là doanh nghiệp tư nhân và cá nhân. Tuy việc thanh toán mới thực hiện tốt trong hệ thống ngân hàng ĐT&PT đến khi chuyển sang ngân hàng thứ 3 (thông qua thanh toán bù trừ ) lại gặp một số vướng mắc (chủ yếu là thanh toán cho các doanh nghiệp và cá nhân có tài khoản tại ngân hàng Nông nghiệp quận) do không được thu phí chuyển tiền nên các Ngân hàng Nông nghiệp thành phố không chấp nhận việc thanh toán về quận qua mạng máy tính và chỉ thực hiện thanh toán bằng liên hàng thư (chuyển qua bưu điện thường mất từ 3 đến 5 ngày) nên công tác chuyển tiền trở thành quá chậm.
- Việc sử dụng cỏc hỡnh thức TTKDTM cũn đơn điệu chủ yếu là Uỷ nhiệm chi - chuyển tiền vỡ:
+ Đối với chuyển khoản: Quyền uỷ nhiệm ký thay chủ tài khoản, cỏ nhõn khi phỏt hành Sộc vẫn cũn phức tạp. Mặt khỏc Sộc chuyển khoản ghi Nợ trước ghi Có sau nên áp dụng đối với khỏch hàng thực sự tớn nhiệm lẫn nhau.
+ Đối với Séc bảo chi:
Thủ tục rườm rà vốn bên mua bị ứ đọng. Séc bảo chi ghi Có trước ghi Nợ sau nhưng theo công văn số 1700CV-TTTT của ngân hàng ĐT&PT Việt Nam ngày 18/12/1997 về việc hướng dẫn chyển tiền Nợ, Có trong hệ thống ngân hàng Đầu tư thỡ trong quỏ trỡnh thanh toỏn chuyển tiền điện tử mới áp dụng chuyển tiền có chuyển tiền Có chứ chưa được chuyển tiền Nợ đối với khách hàng. Quy định này hạn chế phạm vi sử dụng Séc bảo chi
Khu vực tư nhân tuy có mở rộng và sử dụng tài khoản ở ngân hàng nhưng cũn chiếm tỷ lệ nhỏ, chủ yếu là cỏn bọ cụng nhõn viờn ngõn hàng. Doanh số hoạt động cũn thấp vỡ: Người dân chưa thấy tầm quan trọng của việc mở tài khoản cá nhân ở ngân hàng, tâm lý của người dân chưa tin tưởng vào ngân hàng, sợ bị rút tiền kho và đặc biẹt sợ người khác biết thu nhập của mỡnh, trốn thuế…
Thanh túan bự trừ cũn hạn chế về phạm vi thanh toỏn, đơn vị tham gia thanh toán, phiên giao dịch.
Các phươg thức thanh toán vốn của ngõn hàng cũn nghốo nàn, chủ yếu là chuyển tiền điện tử và thanh toán bù trừ, cũn cỏc phương thức thanh toán khác lại chiếm tỉ lệ rất nhỏ, điều này thể hiện sự thiếu linh hoạt trong thanh toán vốn của ngân hàng.
Chưa có phương thức thanh toán bù trừ điện tử để thay thế phương thức thanh toán bù trừ thủ công như hiện nay của ngân hàng. Chính vỡ vậy, ngõn hàng vừa tốn chi phớ về nhõn cụng, thời gian cho khoản thanh toỏn này, hơn nữa các bảng kê được lập bằng tay thỡ sẽ khụng trỏnh khỏi những nhầm lẫn.
Cụng tỏc tin truyền hoạt động của Ngân hàng thời gian qua đó được chú ý nhưng hiệu quả tuyên truyền chưa cao nhất là tuyên truyền về tầm quan trọng của thanh toán, đơn vị tham gia thanh toán, phân tích, phiên giao dịch.
Một số hỡnh thức thanh toỏn mới ra đời cũn mang nặng tớnh hỡnh thức như thẻ thanh toán, thẻ rút tiền tự động, Séc cá nhân chưa thực sự hấp đẫn khách hàng, chưa được áp dụng phổ biến rộng rói. Nhỡn chung cỏc thể thức thanh toỏn hiện hành ở nước ta vẫn cũn mang nặng dỏng dấp nội dung của chế độ thanh toỏn cũ.