Về mặt chủ quan:
Đây là phương pháp xác định giá trị doanh nghiệp trên cơ sở đánh giá giá trị tài sản thực tế toàn bộ tài sản hiện có của doanh nghiệp tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp. Việc áp dụng phương pháp này là rất khó khăn cho tổ chức định giá khi phải xác định giá trị % còn lại của nhà xưởng, máy móc… Do thiếu thông tin về giá cả thị trường của tài sản cần định giá, nhiều chuyên viên định giá đã tự ước lượng giá trị, hoặc chuyển luôn giá trị sổ sách sang. Do vậy kết quả xác định lại giá trị tài sản là không thực tế, phụ thuộc chủ yếu vào cách đánh giá của chuyên viên.
Về mặt kỹ thuật:
Theo phương pháp này giá trị doanh nghiệp được xác định trên cơ sở kết quả kiểm kê, phân loại và đánh giá giá trị thực tế của toàn bộ tài sản của doanh nghiệp theo giá trị thị trường tại thời điểm định giá. Tuy nhiên trong quá trình thực hiện đánh giá doanh nghiệp, tổ chức định giá luôn gặp phải vần đề khó khăn, đó là:
Đối với TSCĐ:
Khi tiến hành xác định giá trị của TSCĐ hữu hình thì cả hai yếu tố của quá trình định giá là nguyên giá và giá trị còn lại đều rất khó xác định. Sở dĩ như vậy là do thiếu thông tin thị trường các loại tài sản này: máy móc thiết bị hiện dang sử dụng trong các DNNN là các máy chuyên dụng thuộc các thế hệ công nghệ khác nhau do nhiều nhà cung cấp khác nhau, thông thường là đã
lạc hậu và nhà sản suất không còn cung ứng trên thị trường hiện tại. Nếu dựa vào tính năng công dụng tương tự thì các máy móc thiết bị thời nay thuộc các thế hệ mới, tiên tiến hơn, tiện ích hơn nên nguyên giá của chúng thường rất khác nhau. Trong trường hợp nếu chọn được một sản phẩm có cùng công suất tính năng và tác dụng nhưng do các nhà sản xuất khác nhau thì cũng không thể so sánh với nhau được.
Như vậy với những khó khăn trên thì phần lớn TSCĐ không có được cơ sở để tham khảo giá trị thị trường hiện tại mà lại được xác định lại theo nguyên giá ghi sổ của kế toán đơn vị.
Không những nguyên giá mà cả giá trị còn lại của TSCĐ cũng là một yếu tố khó xác định vì về mặt nguyên tắc, giá trị còn lại của tài sản được xác định dựa vào giá trị còn lại của các kết cấu chính, nhưng cơ sở để xác định giá trị còn lại của các kết cấu chính lại thường không thuyết phục. Do vậy tỷ lệ % giá trị còn lại được đưa ra nhưng mang nhiều tính chất chủ quan và luôn theo chiều hướng giằng xé về mặt lợi ích: Doanh nghiệp muốn đánh giá thấp, Nhà nước muốn đánh giá cao. Vì vậy luôn xảy ra tranh chấp trong việc thống nhất số liệu.
Xác định lợi thế kinh doanh và giá trị tài sản vô hình của doanh nghiệp: Để xác định lợi thế kinh doanh, phương pháp này chỉ căn cứ trên tỷ suất lợi nhuận của 3-5 năm liền kề và lãi suất trái phiếu chính phủ thời hạn 10 năm. Còn các tài sản vô hình đã được xác định giá trị thì lấy theo số dư trên sổ sách kế toán. Việc tính toán chỉ dựa trên các chỉ số đơn giản như vậy chắc chắn sẽ không phản ánh đúng giá trị lợi thế của doanh nghiệp. Ví dụ như: tỷ suất lợi nhuận của một doanh nghiệp thông thường có thể tăng đột biến trong 1, 2 năm gần đây do điều kiện đặc biệt. Ngược lại, với một doanh nghiệp vốn có
tiếng tăm trên thị trường nhưng trong vòng 3 năm gần đây hiệu quả sản xuất kinh doanh bị giảm hoặc thua lỗ do đang triển khai đổi mới chu kỳ sản phẩm… điều này sẽ làm cho giá trị lợi thế kinh doanh tính theo công thức này có thể bị giảm hoặc thậm chí là số âm_tức doanh nghiệp không có lợi thế kinh doanh. Thực tế cho thấy đây vẫn là doanh nghiệp có tiếng trên thị trường và người mua cổ phần vẫn quyết định mua vì họ tin tưởng vào sự phát triển trong tương lai của doanh nghiệp. Do vậy, việc xác định công thức như trên không phản ánh giá trị lợi thế kinh doanh.