SGDI-NHNN&PTNT có địa bàn hoạt động rộng lớn, khoản vay nhỏ, chi phí cao; các doanh nghiệp vay vốn phần lớn không chấp hành tốt chế độ hạch toán kinh doanh. Trong khi đó, hệ thống thông tin phòng ngừa rủi ro lại chưa đủ điều kiện để cung cấp thông tin cập nhật về thị trường, về khách hàng dẫn đến khó khăn cho NH trong thẩm định và quản lý vốn cho vay.
Hơn nữa, ở một số nơi, một cán bộ tín dụng phải quản lý một khối lượng khách hàng lớn, dư nợ nhiều nên công tác kiểm tra sau đối với khách hàng không được thường xuyên, do đó không phát hiện được những khách hàng sử dụng vốn sai mục đích hoặc có hành vi lừa đảo để xử lý kịp thời.
Địa bàn hoạt động của SGDI -NHNN&PTNT chủ yếu là ở khu vực nông thôn, miền núi, vùng sâu, vùng xa. Đó là những nơi có trình độ dân trí thấp, cơ sở hạ tầng yếu kém, các “ tổ chức tín dụng ngầm”, hụi, họ, cho vay nặng lãi hoạt động rất mạnh, tạo ra môi trường kinh doanh khó khăn, phức tạp cho NH.
Hiện nay, NH vẫn cho vay trên cơ sở phê duyệt dự án của cơ quan có thẩm quyền. Trong khi đó, trách nhiệm về kết quả thẩm định của các cơ quan thẩm định chưa được quy
định rõ ràng. Nếu dự án được thẩm định không tốt, NH phải chịu rủi ro về vốn, còn các cơ quan thẩm định và phê duyệt chỉ chịu một phần trách nhiệm về hành chính. Cùng với đó, các chương trình cho vay theo chỉ định của Chính phủ lại chưa thể chế hoá bằng các văn bản dưới luật để tạo hành lang pháp lý cho hoạt động ngân hàng.
Một nguyên nhân khách quan nữa thường xuyên gây ra những rủi ro bất khả kháng cho hoạt động ngân hàng, đó là: Việt Nam là một nước nhiệt đới gió mùa hàng năm luôn phải chịu hậu quả nặng nề của thiên tai, lũ lụt, hạn hán, dịch bệnh. Nhiều dự án đầu tư xây dựng cho nguồn hàng XK (như lương thực, thuỷ sản, cây công nghiệp...) không có khả năng thu hồi vốn do thiên tai. Cộng thêm với việc thị trường tiêu thụ nông sản phẩm còn yếu và thiếu các tổ chức tiêu thụ nông sản phẩm cho nông dân; công nghệ sau thu hoạch, bảo quản, chế biến còn thiếu và lạc hậu đã làm cho giá gạo và nông sản phẩm tiêu thụ, XK thấp, không ổn định, không khuyến khích được người sản xuất.
Môi trường kinh doanh phức tạp như vậy đã trực tiếp hoặc gián tiếp gây ra những rủi ro cho hoạt động của ngân hàng.