Khó khăn lớn nhất phải kể đến đó là: cùng với nền kinh tế đất nước,ngành NH, trong đó có SGDI-NHNN&PTNT vẫn đang phải đối mặt với những tác động nặng nề của cuộc khủng hoảng tài chính ChâuÁ, vẫn đang phải vượt lên khắc phục hậu quả của khủng hoảng, để tiếp tục đứng vững và phát triển.
Ta có thể thấy ảnh hưởng cuộc khủng hoảng tài chính Châu Á thông qua sự sụt giảm trong nhịp độ tăng trưởng của toàn bộ nền kinh tế và của từng ngành sản xuất. Tuy việc giữ được tốc độ tăng trưởng kinh tế ổn định được coi là một thành tựu, song nhịp độ tăng trưởng có chiều hướng chậm lại, XK khó khăn, đầu tư nước ngoài giảm, tỷ giá biến động mạnh, ngoại tệ khan hiếm không phải là không gây ra những khó khăn cho hoạt động của các ngành kinh tế nói chung và cho hoạt động của ngành NH nói riêng
- Thị trường tiêu thụ không ổn định
Sản xuất nông nghiệp tiếp tục phát triển, sản lượng lương thực không ngừng gia tăng, song do ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng, cộng thêm yếu tố công nghệ sau thu hoạch và công nghiệp chế biến còn yếu, thị trường không ổn định, nên gạo và nhiều loại nông sản giảm giá mạnh, gây thiệt hại cho người nông dân, cho các doanh nghiệp kinh doanh XNK, và cho chính SGDI-NHNN& PTNT với vai trò là nhà tài trợ, nhà thanh toán cho hoạt động XNK.
Trong lĩnh vực sản xuất công nghiệp, giá trị sản xuất công nghiệp có xu hướng giảm dần. Năm 1996, giá trị sản lượng công nghiệp ước tính đạt 14%, năm 1997 là 13,2%, năm 1998 là 11,5% và năm 1999 là 10,3%. Sản xuất công nghiệp đang đứng trước những khó khăn lớn, giá thành nhiều sản phẩm tăng, trong khi đó, thị trường trong và ngoài nước bị thu hẹp, tiêu thụ chậm, sản xuất cầm chừng, lao động dư dôi tăng lên. Cùng với đó, việc tổ chức, sắp xếp lại sản xuất tiến hành chậm, nhiều ngành kinh doanh thua lỗ, phương án đầu tư không hợp lý, kém hiệu quả dẫn đến tình trạng không có khả năng thanh toán nợ. Tình hình đó ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động đi vay và cho vay của SGDI-NHNN& PTNT .