Bên cạnh những kết quả đã đạt được ở trên vẫn tồn tại một số vấn đề như sau:
* Về những kết quả đã đạt được:
Nhu cầu về thông tin tài chính trung thực khách quan cung cấp cho nhà đầu tư cũng như các bên liên quan buộc các công ty kiểm toán, đặc biệt là các đơn vị niêm yết phải đặc biệt quan tâm đến chất lượng dịch vụ cung cấp. Thế nhưng chất lượng dịch vụ kiểm toán giữa các công ty hoạt động tại Việt Nam vẫn có sự chênh lệch khá lớn. Mặc dù, IAFC đã có những bước tiến đáng kể về việc nâng cao chất lượng dịch vụ cung cấp trong quá trình hoạt động nhưng vẫn có sự chênh lệch đáng kể về chat lượng dịch vụ cung cấp so với các công ty kiểm toán lớn, đặc biệt là đối với các công ty kiểm toán nước ngoài. Điều này là do đội ngũ kiểm toán viên sự mỏng về lượng (hiện tại công ty chỉ có 3 KTV có chứng chi hành nghề); hạn chế về trình độ và năng lực; và chưa thiết lập được cơ chế KSCL thực sự có hiệu lực.
* Về cơ cấu tổ chức quản lý:
Do IAFC là một doanh nghiệp nhỏ nên trong cơ cấu tổ chức quản lý chỉ mang tính tương đối, có tách biệt trên lý thuyết, còn trên thực tế có sự giao thoa, kiêm nhiệm giữa các phòng chức năng, giữa các bộ phận. Điều này dẫn đến, một
người có thể kiêm nhiệm nhiều chức năng, vai trò như nhân viên trong công ty kiêm kế toán kiêm thủ quỹ, trưởng phòng hành chính kiểm trưởng phòng nhân sự,…Đây có thể là một kẽ hở dẫn đến các khả năng sai phạm và làm giảm sự chuyên môn hóa, chuyên nghiệp của công ty.
* Về nhân sự và đào tạo nhân sự:
Nguồn lực con người có thể nói là nhân tố quan trọng nhất, quyết định trong các công ty kiểm toán, vì nó trực tiếp quyết định chất lượng dịch vụ công ty cung cấp. Ngay từ khâu tuyển dụng đã thể hiện sự quan tâm đặc biệt của các công ty đến vấn đề nhân sự. Đào tạo cũng là một đặc trưng trong lĩnh vực kiểm toán. Vì nâng cao trình độ và đạo đức nghề nghiệp của kiểm toán viên chính là một trong những biện pháp kiểm soát chất lượng dịch vụ kiểm toán tốt nhất.
Do hạn chế về thời gian hoạt động cộng thêm không có tiềm lực mạnh về mặt tài chính nên công ty còn gặp nhiều khó khăn trong việc thu hút nguồn nhân lực có chất lượng cao cũng như việc tổ chức đào tạo bài bản và việc liên tục cập nhật kiến thức, các thông tư, văn bản mới,…cho các nhân viên trong công ty còn rất hạn chế. Đây chính là tình trạng khó khăn chung của các công ty kiểm toán nhỏ hiện nay.
* Về tổ chức công tác kiểm toán:
Có thể nhận thấy rằng trong quy trình tổ chức kiểm toán của công ty, vai trò của công tác lập kế hoạch kiểm toán và thiết lập chương trình kiểm toán chi tiết cho từng hợp đồng kiểm toán là rất mờ nhạt. IAFC có thiết lập chương trình kiểm toán cho các hoạt động kiểm toán của minh nhưng mới chỉ dừng lại ở cấp độ rất chung chung áp dụng cho tất cả các khách hàng, mà chưa hề có sự lên kế hoạch chi tiết cho từng khách hàng, khâu lập kế hoạch chưa được coi trọng đúng mức, không được lập đầy đủ và chu đáo. Điều này sẽ đe dọa nghiêm trọng đến chất lượng và hiệu quả cuộc kiểm toán.
Mặc dù công ty đã xây dựng được chương trình kiểm toán riêng và tổ chức thực hiện kiểm toán theo đúng quy trình gồm 3 giai đoạn đã lập sẵn thế nhưng việc thực hiện chưa thực sự chưa được xuyên suốt và toàn diện trong các cuộc kiểm
toán. Nguyên nhân là do sức ép lớn về mặt thời gian (áp lực công việc phải hoàn thành chỉ tiêu doanh thu), thêm vào đó là tác động của giá phí kiểm toán. Là một công ty kiểm toán nhỏ, do không đủ uy tín, năng lực và kinh nghiệm như các công ty kiểm toán lớn nên thường phải cạnh tranh bằng cách giảm giá phí. Tuy nhiên, để đảm bảo lợi nhuận cho công ty, thường các thủ tục kiểm toán nói riêng và các công việc đã được thiết kế trong quy trình kiểm toán nói chung bị giảm bớt, được thực hiện khá sơ sài, không tuân theo hoặc không được thực hiện đầy đủ. Thêm vào đó, công tác lập kế hoạch kiểm toán cũng chưa thực sự được chú trọng, còn thực hiện khá sơ sài, dập khuôn, và máy móc trong quá trình lập kế hoạch kiểm toán do lĩnh vực kiểm toán còn khả mới mẻ đối với các công ty kiểm toán Việt Nam. Những điều này làm tăng rủi ro kiểm toán và ảnh hưởng lớn đến chất lượng báo cáo kiểm toán phát hành.
* Về KSCL kiểm toán:
Mặc dù đã quy định cụ thể về quy trình KSCL kiểm toán trong các cuộc kiểm toán nhưng cho đến nay quy trình này vẫn chưa thực sự được hiệu lực hóa trên thực tế. Nguyên nhân là do số lượng và chất lượng của đội ngũ KTV nói riêng và đội ngũ nhân viên có trình độ nói chung còn yếu và thiếu. Vì thế ở các công ty này thường không đảm bảo quy trình, thủ tục kiểm soát chất lượng như mong muốn. Ngoài yếu tố số lượng, trình độ, đạo đức kiểm toán viên trực tiếp quyết định chất lượng kiểm toán, nhưng vấn đề này cũng chưa được quan tâm đúng mức ở những công ty nhỏ như IAFC.
Bên cạnh đó, ngoài yếu tố con người thì vấn đề về giá phí kiểm toán và áp lực từ thời gian hoàn thành công việc cũng là những nguyên nhân dẫn đến những hạn chế trong công tác KSCL kiểm toán.