Xu thế chủ yếu của việc tái cơ cấu hệ thống NH hiện nay chính là hợp nhất, sáp nhập các NH để tăng quy mô, tăng khả năng cạnh tranh và nhằm tạo ra một NH có quy mô
tầm cỡ khu vực. Tuy nhiên, một khi thực hiện sáp nhập, hợp nhất các NH với nhau sẽ nảy sinh ba vấn đề lớn.
Vấn đề trước tiên chính là sự minh bạch của hệ thống. Hàng loạt điểm mà NH cần minh bạch như: Nợ xấu, quản trị, cơ chế, chính sách…hiện nay vẫn chưa thật sự minh bạch. Chính vì thế, “giá trị thật” của mỗi NH vẫn chưa được cụ thể. Do đó khi NHNN đề xuất phương án tái cơ cấu hệ thống NH theo xu thế sát nhập, hợp nhất sẽ rất khó có thể thực hiện. Các NH sẽ không tự nguyện sát nhập với nhau bởi nỗi lo mình phải gánh nợ xấu của NH kia. Vì thế, khi hệ thống minh bạch là khắc có trật tự, trách nhiệm cho từng NH khi sát nhập, hợp nhất cũng minh bạch, rõ ràng với tiêu chuẩn đầy đủ, nhất quán về yêu cầu, lợi ích và thiệt hại nếu có.
Vấn đề thứ hai chính là sự phù hợp trong mối quan hệ giữa lực lượng sản xuất và quan hệ sản xuất. "Lực lượng sản xuất phải phù hợp với quan hệ sản xuất". Việc chúng ta sát nhập các NH với nhau sẽ tạo ra một NH có quy mô lớn tuy nhiên trình độ quản lý kém thì cũng không thể tạo ra một NH lớn mạnh tầm cỡ khu vực. Do đó việc sáp nhập, hợp nhất phải đi đôi với việc củng cố và phát triển khoa học quản trị NH. Có như vậy, việc sát nhập, hợp nhất các NH mới có hiệu quả và đạt mục đích.
Vấn đề thứ ba cần lưu ý chính là trên thị trường hiện nay đã xuất hiện một vài NHTM lớn hỗ trợ vốn với hạn mức nhất định cho một số NHTM nhỏ. Cơ quan quản lý nhà nước cần lưu ý động thái này, để tránh một số NHTM có quy mô lớn hơn tham gia quá nhiều vào việc hỗ trợ vốn, điều này không dễ giải quyết được tận gốc vấn đề yếu kém của NH nhỏ, nhưng lại dễ làm suy yếu sức mạnh tài chính của chính tổ chức này và sẽ gây bất ổn cho cả hệ thống ở giai đoạn sau.