Thứ nhất, liều lượng của gói kích cầu thì chưa phù hợp, đối tượng hạn hẹp vì chỉ có những doanh nghiệp có điều kiện 3 năm làm ăn có lãi thì mới được nhận hỗ trợ từ gói kích cầu. Chính vì thế mà một số Doanh nghiệp vừa và nhỏ không được hưởng lợi gì từ gói kích cầu này. Điều này khiến cho các Doanh nghiệp vốn đang có sức chống lại với cuộc khủng hoảng kinh tế thì lại được tiếp thêm sức, còn các Doanh nghiệp đang thoi thóp vì cuộc khủng hoảng thì lại không được hưởng sự hỗ trợ nào, dẫn đến các Doanh nghiệp vừa và nhỏ đều phá sản.
Thứ 2, tiềm ẩn của lạm phát vẫn chưa được loại trừ hoàn toàn vì một phần nguồn gốc của lạm phát ở nước ta là do cung tiền quá lớn trong thời gian dài, tức là để tạo ra một phần trăm (%) tăng trưởng thì cần một lượng vốn khá lớn so với các nước trong khu vực. Do các Doanh nghiệp nhà nước (DNNN) được Nhà nước hỗ trợ một lượng tín dụng lớn nhưng lại kém hiệu quả, mặt khác các DNNN này lại dùng số tiền đó đầu tư vào những lĩnh vực mang tính đầu cơ cao như chứng khoán và bất động sản, mà không dùng vào việc làm gia tăng hoạt động sản xuất vì thế khiến cho mục đích sử dụng gói kích cầu của chính phủ đi sai hướng. Vì thế các DNNN hay DNTN đều phải nhận thức rõ được việc cần làm, đó là thực hiện hoạt động sản xuất hiệu quả hơn nhờ kỷ luật nhà nước và kỷ luật của thị trường thì nền kinh tế Việt Nam có thể đã được chuẩn bị tốt hơn phần nào để đương đầu với cuộc khủng hoảng kinh tế.
Thứ 3, nếu không chú trọng kiểm tra, giám sát sẽ làm tăng nguy cơ nảy sinh tham nhũng, thậm chí có thể xuất hiện nhiều loại tội phạm mới có liên quan trực tiếp và gián tiếp tới các "gói kích cầu" này do sự bắt tay giữa các ngân hàng với các doanh nghiệp trong việc lập các dự án vay ảo để chiếm đoạt vốn hỗ trợ từ "gói kích cầu".
Thứ 4, nguy cơ làm ảnh hưởng sức cạnh tranh của nền kinh tế do việc cho vay theo "gói kích cầu" thiên về quy mô và thành tích, tức góp phần níu kéo, duy trì cơ cấu kinh tế, cũng như cơ cấu sản phẩm và thị trường kinh doanh lạc hậu, kém hiệu quả; đồng thời, làm gia tăng hoặc kéo dài tình trạng bất bình đẳng thị trường giữa các loại hình doanh nghiệp, khu vực kinh tế và các địa phương nếu không tuân thủ tốt các nguyên tắc minh bạch và bình đẳng trong triển khai các "gói kích cầu".
Thứ 5, tranh chấp giữa các doanh nghiệp trong việc có quyền được hưởng hỗ trợ từ gói kích cầu là rất dễ xảy ra. Điều này ảnh hưởng đến việc tạo một môi trường kinh doanh lành mạnh và công bằng.
2.3.2.2 Đối với nền kinh tế chung
Đầu tiên việc quản lý vốn của Chính phủ chưa thật sự chính xác và đúng đối tượng, làm tăng nguy cơ thất thoát, lãng phí các nguồn vốn vay, nếu không được giám sát chặt chẽ; gia tăng gánh nặng nợ nần và các hiện tượng "đầu cơ nóng" với những hệ quả đắt đi kèm cho cả Chính phủ, doanh nghiệp, ngân hàng và xã hội nói chung khi các dự án vay đầu tư được lập ra có chất lượng thấp hoặc triển khai kém, giải ngân không đúng mục đích vay.
Thứ 2, do nguy cơ ngân hàng gây khó khăn cho doanh nghiệp để "ăn chia" phần vốn hỗ trợ trong khi thẩm định, cho vay vốn, làm tổn hại lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp.
Thứ 3, đặc biệt, về trung hạn, tăng nguy cơ tạo áp lực tái lạm phát trong tương lai nếu sử dụng không hiệu quả "gói kích cầu" khiến gia tăng tích tụ cân đối hàng - tiền và vi phạm quy luật lưu thông tiền tệ.
Thứ 4, do việc thực hiện gói kích cầu còn nhiều hạn chế gây phản tác dụng đến nền kinh tế chung, biểu hiện:
Làm cho tổng phương tiện thanh toán và tín dụng tăng ở mức cao. Cụ thể như số dư tiền gửi đến cuối tháng 10/2009 là 1.690.450 tỷ đồng, tăng 25,72% so với tháng 12/2008. Tổng phương tiện thanh toán tăng 24% so với tháng 12/2008. Dư nợ tín dụng tăng 39,46% so với tháng 12/2008.
Giảm VAT đối với một số mặt hàng (chẳng hạn phụ tùng ô tô) vô tình đã hướng gói kích cầu đến hàng nhập khẩu (vi phạm nguyên tắc số 4 là “ít rò rỉ ra hàng ngoại nhập”).