Ontology có thể được phân loại dựa trên phương pháp hình thành khái niệm. Theo H. Beck et al ([1]), có các kiểu ontology như sau:
• Ontology biểu diễn (Representation ontologies hay còn gọi là meta ontologies). Kiểu ontology này nhằm khái niệm hoá và biểu diễn các tri thức theo kiểu hình thức. Ontology kiểu này định nghĩa các khái niệm như là các lớp, các mối quan hệ, các hàm hay các tiên đề được định danh (named-axiom).
• Ontology chung (General ontology) hay còn gọi là ontology mức cao (upper ontology). Kiểu ontology này nhằm phân loại một tập các thực thể tồn tại trong thế giới vật chất. Nó thường biểu diễn các khái niệm chung, không phụ thuộc vào vấn đề hay miền cụ thể nào được mô tả trong ontology đó. Tri thức định nghĩa trong kiểu ontology này thường là sự vật (thing), sự kiện (event), thời gian (time), không gian (space) hoặc các khái niệm chung khác.
• Ontology miền (Domain ontologies). Tri thức được định nghĩa trong kiểu ontology này là tri thức xác định một miền nào đó. Từ vựng, khái niệm được mô tả trong kiểu ontology này có mối quan hệ gần gũi với các miền tri thức tổng quát, ví dụ như hàng không, y tế…
• Ontology ứng dụng (Application ontology). Mô tả các phần tri thức phụ thuộc vào một miền tri thức riêng biệt cũng như nhiệm vụ cụ thể nào đó. Một ontology ứng dụng thường biểu diễn các khái niệm liên quan trực tiếp đến việc giải quyết bài toán. Tuy được phân thành nhiều loại, nhưng thường thì ontology của một hệ thống bao gồm nhiều kiểu ontology chứ không chỉ có một kiểu ontology nhất định nào đó. Ví dụ, trong
ontology của một hệ thương mại điện tử luôn có các khái niệm thuộc kiểu ontology chung ở mức cao nhất, dưới đó sẽ là các khái niệm ứng với miền tri thức của ứng dụng thương mại điện tử đó. Trong ontology này cũng có thể có các khái niệm chỉ liên quan đến ứng dụng như các khái niệm liên quan đến cơ chế hoạt động của agent.