Việc hoàn thiện chế định miễn trách nhiệm hình sự trong pháp luật hình sự góp phần giúp cho nhà làm luật nhận thấy những "kẽ hở", "lỗ hổng" của chế định này để loại trừ những quy định đã lạc hậu, đã lỗi thời, quá trừu tượng, thiếu chính xác về mặt khoa học hoặc sửa đổi, bổ sung những quy định mới cho phù hợp với thực tiễn. Dưới góc độ này, hàng loạt vấn đề đặt ra như:
Thứ nhất, trong Bộ luật hình sự năm 1985 cũng như Bộ luật hình sự năm 1999 đều chưa đưa ra định nghĩa pháp lý của khái niệm "miễn trách nhiệm hình sự" là gì; hậu quả pháp lý cụ thể của việc miễn trách nhiệm hình sự là gì; người được miễn trách nhiệm hình sự có thể bị áp dụng một hay nhiều biện pháp cưỡng chế phi hình sự nào khác (tố tụng hình sự, hành chính, dân sự, kỷ luật, lao động...) hay không.
Thứ hai, những trường hợp miễn trách nhiệm hình sự cụ thể được quy định rải rác ở các điều luật, các chương, các phần khác nhau (Phần chung và Phần các tội phạm) của Bộ luật hình sự rõ ràng là thiếu tính chính xác về mặt khoa học và chưa đạt về mặt kỹ thuật lập pháp. Ngoài ra, trong từng trường hợp miễn trách nhiệm hình sự cụ thể cũng cần được nhà làm luật có hướng dẫn kịp thời về căn cứ và những điều kiện của trường hợp tương ứng đó mà chúng tôi đã phân tích ở chương thứ hai của luận văn này.
đang tồn tại nhiều trường hợp có thể áp dụng chế định miễn trách nhiệm hình sự, nhưng lại chưa được nhà làm luật nước ta ghi nhận trong Bộ luật hình sự năm 1999 hiện hành. Ví dụ: miễn trách nhiệm hình sự do hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự, miễn trách nhiệm hình sự cho người phạm tội trốn khỏi nơi giam, miễn trách nhiệm hình sự do sự hòa hoãn giữa người phạm tội và người bị hại, miễn trách nhiệm hình sự cho người phạm tội là người già có nhiều tình tiết giảm nhẹ trách nhiệm hình sự...
Thứ tư, trong xu thế hội nhập khu vực và thế giới cũng đòi hỏi pháp luật hình sự của nước ta nói chung, chế định miễn trách nhiệm hình sự nói riêng cũng cần phù hợp và có sự tham khảo, chọn lọc các quy định của pháp luật hình sự các nước (trong đó có những quy định về miễn trách nhiệm hình sự), cũng như góp phần nhân đạo hóa hơn nữa chính sách hình sự của Nhà nước nói chung và của pháp luật hình sự Việt Nam nói riêng.