Một trong những thách thức của mạng femtocell chính là nhiễu, bởi vì nó không nằm trong khi quy hoạch mạng, cho nên các tín hiệu không mong muốn từ các trạm phát lân cận gây nhiễu làm cho tín hiệu không hiểu hoặc không giải mã đƣợc ở các thiết bị đầu cuối ngƣời dùng. Trong mạng femtocell khi xảy ra nhiễu thì không thể điều khiển đƣợc trong mô hình mạng và kiến trúc mạng hai lớp. Mô hình mạng không thể điều khiển đƣợc từ khi femtocell triển khai bởi ngƣời dùng và ngƣời vận hành mạng của nhà cung cấp không biết đến nó.
Trong mô hình mạng femtocell có hai loại nhiễu cơ bản đó là nhiễu khác lớp (cross-layer interference) và nhiễu cùng lớp (co-layer interference). Nhiễu cùng lớp: khi một thiết bị ngƣời dùng kết nối với FAP trong nhà thì FAPs lân cận chồng lấn với vùng phủ trong nhà cho nên quá trình nhiễu xảy ra. Nhiễu khác
lớp đƣợc mô tả trong hình 2.3. Hƣớng xuống của macrocell (link1) sẽ nhiễu với hƣớng xuống của femtocell (link4) khi truyền cùng băng tần, khi đó các thiết bị đầu cuối ngƣời dùng sẽ bị nhiễu. Tƣơng tự nhiễu sẽ xảy ra ở hƣớng lên, thì FAP và trạm cơ sở macrocell sẽ bị nhiễu.
Trong tƣờng hợp sử dụng mô hình truy nhập đóng, các thiết bị ngƣời dùng ở macrocell không thể truy nhập sử dụng dịch vụ thông qua femtocell nếu nhƣ tín hiệu giữa thiết bị ngƣời dùng và macrocell yếu. Trong trƣờng hợp này, thiết bị ngƣời dùng thông qua điều khiển công suất thích ứng truyền tín hiệu công suất mạnh làm hủy tín hiệu hƣớng lên của FAP trong vùng đóng đó.
Mật độ femtocell càng nhiều thì mức độ nhiễu trong cùng lớp càng phức tạp. Hình 2.4 mô tả cách bố trí các femtocell, theo hình 2.4a thì vùng phũ sẽ bị chồng lấn, ngƣợc lại thì khi các femtocell đƣợc bố trí ra xa thì sẽ không gây nhiễu.