+Sở giao dịch NHNo&PTNT Việt Nam mới được thành lập do đó sự hiểu biết của khách hàng đối với Sở giao dịch là còn hạn chế, đòi hỏi phải có thời gian.
+Tuy Sở giao dịch được định vị ở nơi trung tâm thuận lợi cho việc kinh doanh nhưng mặt bằng giao dịch chật hẹp, gây khó khăn trong hoạt động kinh doanh, ngoài ra mạng lưới của Sở giao dịch còn quá ít, trong năm 2002 mới mở được thêm 1 phòng giao dịch. Vì mạng lưới còn nhỏ nên việc huy động vốn gặp phải nhiều khó khăn.
+ Kỳ hạn và các hình thức huy động vốn tại Sở giao dịch trong 3 năm qua đã được đa dạng hoá với các kỳ hạn và loại hình phong phú hơn trước tuy nhiên nhìn chung các loại hình huy động vốn tại Sở giao dịch cũng như ở các ngân hàng thương mại của Việt nam còn chưa phong phú nên chưa khai thác được tối đa nguồn vốn nhàn rỗi.
+Công tác quảng cáo, tiếp thị đã được quan tâm thực hiện, tuy nhiên những hoạt động này chưa mang lại được nhiều tác động tích cực cho hoạt động kinh doanh của Sở giao dịch.
+ Dịch vụ ATM tuy mới phát triển nhưng chưa rộng rãi, với xu hướng phát triển chung của đất nước và của Hà Nội thì nhu cầu sử dụng các dịch vụ ngân hàng hiện đại trong tương lai là rất lớn. Song do Sở giao dịch trực thuộc hệ thống NHNo nên việc phát triển các dịch vụ hiện đại phải tuân theo định hướng chiến lược chung của toàn nghành ngân hàng nông nghiệp, điều đó cũng là khó khăn, Sở giao dịch không được tự chủ hoàn toàn trong việc phát triển các dịch vụ này.
+Các chương trình tin học chưa đáp ứng được hoàn toàn nhu cầu của công việc : Tuy Sở giao dịch và NHNo&PTNT Việt nam luôn trú trọng việc cập nhật, hoàn thiện các chương trình tin học tuy nhiên hiện nay một số chương trình tin học vẫn chưa đáp ứng được nhu cầu giao dịch, nhu cầu quản lý và điều hành điều đó gây ra những sự tốn kém về công sức cho ngân hàng trong hoạt động kinh doanh nói chung và hoạt động huy động vốn nói riêng.