Cùng các đơn vị khác, sau khi đi vào hoạt động công ty đã tiến hành nghiên cứu và áp dụng luật thuế GTGT vào hoạt động sản xuất kinh doanh. Do những ưu
điểm của thuế GTGT mà công tác thuế nổi chung và công tác thuế GTGT nói riêng đơn giản, rỗ ràng, khoa học hơn. Nhưng do sự vện động không ngừng của thực tiễn trong khi chế độ chính sách lại áp dụng trong một thòi gian nên công tác kế toán có lúc gặp khó khăn, còn cố những tồn tại hạn chế. Kế toán thuế không nằm ngoài quy luật đó. Đặc biệt thurGTGTlà một luật thuể mới đang trong thSn^imtSrdTtimra cách quản lý tối ưu nhất. Vì vậy Công ty CP Thương mại và Dịch vụ Lộc Bình Phương còn mắc phải những hạn chế sau:
+ Một là: Do công tỵ phải theo dỗỉ, kê khai, nộp thuế và nhiều loại thuế khác nhau nên công tác kế toán thuế của công ty trở nên phức tạp hơn, khi nhân viên kế toán trong công ty cùng lúc phải kiêm nhiệm nhiều phần hành kế toán, đôi lúc dẫn đến vỉệc chồng chéo, chậm trễ trong công tác ghi sổ kế toán.
+ Hai là: Phương thức kê khai nộp thuế của công ty chủ yếu là các hò sơ bằng giấy chưa đăng ký kê khai và nộp qua mạng hay thực hiện theo phương thức điện tử nên rất mất thòi gian và chỉ phí khỉ đi nộp thuế.
+ Ba là: Nhiều những thay đối bổ sung liên quan đến thuế GTGT nhiều khi không được nhân viên kế toán của công ty kịp thời cập nhật như những thay đồi về mẫu tờ khai thuế GTGT hàng tháng, quyết toán thuế năm,... nên đã dẫn
đến tình trạng đến kỳ đi nộp thuế nhân viên kê khai thuế và nộp thuế không được cơ quan thuế chấp nhận.
+ Bốn là: Một sổ hóa đơn có gỉá trị trên 20 triệu nhưng vẫn thanh toán bằng tiền mặt đã gây khó khăn cho công tác kê khai thuế theo quy định của thông tư 129 ngày 26/12/2008 của Bộ tài chính về thuế GTGT và công văn số 3046/BTC - TCT ngày 20/03/2009 của Bộ tài chính hướng dẫn thêm về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để được khấu trừ hoàn thuế GTGT, hàng hóa dịch vụ mua vào theo từng lần theo hóa đơn từ 20 triệu ( giá đã cổ thuế GTGT) nếu không cú chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT
+ Năm là: Có những nghiệp vụ phát sinh được ghi nhận chưa phù họp với từng kỳ. Ví dụ trong việc ghi nhận số thuế GTGT đã nộp, kế toán hạch toán số thuế GTGT đã nộp kỳ nào là số thuế phát sinh phải nộp tronh kỳ đó. Vì vậy mà số thuế GTGT còn phải nộp đầu kỳ và sộ thuế còn phải nộp cuối kỳ đều bằng 0.
Nhìn chung công tác kế toán thuế GTGT tại Công ty CP Thương mại và Dịch vụ Lộc Bình Phương ỉà tương đối khoa học hiệu quả. Do những nguyên nhân khách quan và cũng như chủ quan mà công tác kế toán thuế nói chung và công tác thuế GTGT nói riêng vẫn còn những tồn tại hạn chế. Mặc dù những hạn chế này không lớn, không ảnh hưởng nghiêm trọng nhưng nếu khắc phục sẽ góp phần hoàn thiện công tác kế toán nói chung và ké toán thuế GTGT nổi riêng.