Sau khi đã được phân loại và thu gom, chất thải rắn y tế được vận chuyển đến nới xử lý. Tại các cơ sở y tế trên địa bàn huyện Điện Bàn nói riêng và tỉnh Quảng Nam nói chung, hai phương pháp xử lý đang áp dụng đối với chất thải y tế là thiêu đốt và chôn lấp.
Phương pháp thiêu đốt
Về xử lý rác thải y tế theo phương pháp thiêu đốt thì hiện nay trên toàn tỉnh chỉ duy nhất Bệnh viện đa khoa Quảng Nam có 01 lò đốt.
Lò đốt rác thải y tế của Bệnh viện Đa khoa Quảng Nam được xây dựng từ năm 2001. Công suất thiết kế 200 kg/ngày đêm. Đến năm 2007, lò đốt này nhận thêm việc thiêu hủy chất thải rắn y tế nguy hại của 22 bệnh viện công lập trên địa bàn. Như vậy, hàng ngày lò đốt này tiêu hủy từ 400-450kg rác thải cho toàn bộ rác thải y tế từ các bệnh viện khu vực đồng bằng trên địa bàn tỉnh (kể cả bệnh viện tư nhân), trong khi công suất tối đa cho phép lò đốt này hoạt động chỉ từ 200-250kg rác trong một ngày đêm nên đang xuống cấp rất nhanh và làm ảnh hưởng đến môi trường sống của người dân lân cận.
Rác thải y tế của 2 bệnh viện trên địa bàn huyện là Bệnh viện đa khoa Vĩnh Đức và Bệnh viện đa khoa khu vực Quảng Nam đều được thu gom và vận chuyển đến đây để xử lý.
Còn với các trạm y tế xã thì đa số đều bỏ chung với rác thải thông thường và Đội Môi trường đô thị sẽ đi thu gom rồi xử lý.
Phương pháp chôn lấp
Những chất thải y tế sau khi đốt tại lò đốt Bệnh viện Đa khoa Quảng Nam thì được vận chuyển lên bãi chôn lấp tại Đại Lộc.