- Đôi khi việc chuẩn bị giấy tờ, hồ sơ khai hải quan còn chậm và thiếu sót. Nguyên nhân một phần cũng là do bên khách hàng chuẩn bị lâu và không gửi ngay sang công ty để bên hải quan tiến hành khai hải quan.
- Công ty làm bên dịch vụ nên nhiều khi phải phụ thuộc vào bên khách hàng gửi giấy tờ sang cho công ty nên dẫn đến tình trạng nhiều lô hàng có thời gian lưu kho, lưu bãi lâu làm tăng chi phí.
- Nguồn nhân lực trong công ty còn hạn chế nên nhiều khi có tình trạng thiếu nhân lực do phải mở thủ tục cho nhiều hàng hoá của nhiều khách hàng.
Đây cũng là lý do dẫn đến tình trạng chậm trễ trong việc khai báo và xử lý hồ sơ.
- Còn lúng túng trong việc xử lý những trường hợp phức tạp, có sự liên quan đến nhiều bộ phận vì bộ phận hải quan của công ty được chia làm hai mảng bên mở thủ tục cho hàng hoá xuất khẩu và bên mở thủ tục cho hàng hoá nhập khẩu. Việc này cũng có những bất cập do sự chuyên môn hoá cao, người làm bên mở thủ tục xuất khẩu thì không biết đến công việc của người làm bên mở thủ tục nhập khẩu.
- Một DN làm bên dịch vụ thì giá cả dịch vụ là rất quan trọng đối với khách hàng. Họ bỏ tiền ra thì họ sẽ chọn công ty nào có dịch vụ tốt, rẻ thì họ làm. Vì thế việc giảm bớt chi phí cho việc làm thủ tục hải quan là rất quan trọng. Vấn đề làm thế nào để công ty có thể giảm chi phí này đến mức tối thiểu?
- Bên cạnh đó là những vấn đề về bên hải quan không phải lúc nào việc thông quan cũng được diễn ra nhanh chóng. Đôi khi doanh nghiệp phải chờ đợi rất lâu, rất mất thời gian, hơn thế nữa là nhân viên của doanh nghiệp còn phải đi lại chỗ hải quan rất nhiều lần mới thông quan được.
- Hiện nay, có rất nhiều chính sách, văn bản luật liên quan đến hải quan được sử dụng. Những chính sách và văn bản này luôn luôn thay đổi làm cho doanh nghiệp nhiều khi không thể cập nhật kịp thời, dẫn đến tình trạng Hải Quan yêu cầu Doanh nghiệp xuất trình thêm những giấy tờ cần thiết mà Doanh nghiệp không biết. Như vậy Doanh nghiệp rất vất vả vì phải quay về và phải đến làm lúc khác, mất thời gian và tốn kém chi phí đi lại cho DN.
- Đức Việt làm dịch vụ cho các công ty khác nên một ngày làm thủ tục hải quan cho nhiều công ty khác nhau. Việc truyền thông tin giữa Kho Bạc Nhà Nước với CQHQ còn chậm gây khó khăn cho DN. Cụ thể như khi doanh nghiệp nộp thuế vào Kho Bạc Nhà Nước thì phải mất 2-3 ngày thông tin mới được đưa lên các website vì thế DN coi như chưa nộp thuế. Vì vậy sẽ có khó khăn trong việc DN mở thủ tục hải quan cho các lô hàng khác.