Vi khuẩn (Bacteria): Một số vi khuẩn được nghiên cứu vì sự liên quan của chúng tới vấn đề sức khỏe cộng đồng và sự lan truyền qua đường nước.
Động vật nguyên sinh (Protozoa): Giống như vi khuẩn, động vật nguyên sinh tương đối dễ thu mẫu và sự thích nghi của chúng đối với môi trường giàu chất hữu cơ.
Tảo (Algae): Tảo được coi là sinh vật chỉ thị quan trọng vì chúng có quan hệ với nghiên cứu về sự phú dưỡng. Sự chịu đựng đối với ô nhiễm vật chất hữu cơ của các loài này được nghiên cứu rất nhiều nhưng chúng không phù hợp làm sinh vật
chỉ thị ở môi trường ô nhiễm do thuốc trừ sâu hoặc môi trường bị ô nhiễm kim loại nặng.
Động vật không xương sống cỡ lớn (Macroinvertebrates) là nhóm sinh vật thủy sinh phổ biến nhất, sự phân bố của chúng thường ổn định và đặc biệt chúng rất dễ nhạy cảm với những yếu tố sinh thái. Sử dụng ĐVKXS cỡ lớn làm chỉ thị có những ưu điểm như quá trình lấy mẫu và phân tích mẫu dễ thực hiện, ít tốn kém tuy nhiên để xác định nguyên nhân gây ra ô nhiễm gặp nhiều khó khăn.
Thực vật lớn (Macrophyte) như các loài bèo, lau sậy; chúng phát triển mạnh ở vùng nước tù hãm chứa nhiều chất dinh dưỡng. Do vậy cùng với tảo, rong, bèo là các thực vật chỉ thị cho hiện tượng phú dưỡng của nước. Cá là động vật biến nhiệt. Có nhiều loại cá khác nhau cùng tồn tại trong một thủy vực với các đặc điểm khác nhau về hình thể, nguồn thức ăn, nơi sinh sản phát triển và khả năng thích nghi với môi trường. Chính vì vậy nhiều loài cá có thể được sử dụng như chỉ thị sinh học để xác định lượng nước và ô nhiễm nguồn nước.
Theo Hellewell (1989) tỷ lệ sử dụng các nhóm sinh vật trong chỉ thị chất lượng nước như sau:
- Virut: 1% - Vi tảo: 25% - Vi khuẩn: 15% - Thực vật bậc cao: 3,5% - Nấm: 3,5% - Động vật nguyên sinh: 17,5% - Nấm men: 2,5% - ĐVKXS cỡ lớn: 26%
Như vậy, vi tảo và ĐVKXS cỡ lớn là hai nhóm sinh vật chỉ thị được coi là ưu việt hơn cả và thường được sử dụng trong phương pháp sử dụng sinh vật chỉ thị trong quan trắc và đánh giá chất lượng nước. Trong phạm vi nghiên cứu luận văn,
chúng tôi lựa chọn sinh vật chỉ thị là vi tảo (thực vật nổi) để đánh giá chất lượng nước vùng cửa sông Văn Úc.