Chương trình đưa ra mục tiêu phấn đấu quá cao. Tuy nhiên, định mức vốn cho xã, thôn bản quá thấp, chưa cân đối với mục tiêu và chưa đáp ứng nhu cầu thực tế (theo điều tra cơ bản năm 2006, nhu cầu hỗ trợ đầu tư mỗi xã trên dưới 20 tỷ đồng; mỗi thôn bản từ 3- 5 tỷ đồng). Trong khi vốn đầu tư của Trung ương có hạn thì huy động nguồn lực từ ngân sách địa phương, cộng đồng, doanh nghiệp cho Chương trình lại đạt thấp so với kế hoạch, bởi những địa phương có nhiều xã, thôn bản thuộc Chương trình 135 đều là tỉnh nghèo, ngân sách khó khăn; người dân đóng góp chủ yếu là ngày công lao động, hiến đất; các doanh nghiệp, các thành phần kinh tế bị ảnh hưởng lớn của suy thoái kinh tế. Ngoài ra, còn có tình trạng một số địa phương phân bổ nguồn lực cho xã, thôn bản chưa xuất phát từ điều kiện khó khăn, còn mang tính chia đều bình quân.
Chương trình vẫn còn những tồn tại chủ yếu bao gồm:
Thứ nhất, còn nhiều hạn chế trong triển khai hợp phần xây dựng hạ tầng cơ sở. Chưa triệt để phân cấp quyết định và quản lý đầu tư, làm hạn chế nguyên tắc dân chủ công khai. Chỉ đạo chưa sâu sát, giám sát chưa chặt chẽ. Các cơ quan TW chưa giám sát thường xuyên. Một số địa phương và thực hiện giám sát, đánh giá một cách hình thức, nhất là thông tin khối lượng, chất lượng và thời gian thực hiện công trình, chưa phát hiện kịp thời khó khăn trên hiện trường, những yếu kém của đơn vị, ít kiến nghị, đề xuất ngoài việc đề nghị tăng vốn. Do đó, có công trình không phát huy hiệu quả, nhiều công trình chưa đảm bảo bền vững, chất lượng công trình còn yếu kém, cơ chế vận hành, duy tu và bảo dưỡng các công trình chưa thống nhất và kém hiệu quả. Nhiều địa phương chưa ban hành về qui định quản lý vận hành, duy tu bảo dưỡng công trình.
Thứ hai, Chương trình trong những năm qua còn tập trung nhiều cho đầu tư xây dựng CSHT và các trung tâm cụm xã, chưa chú ý nhiều đến hoạt động hỗ trợ sản xuất và cải thiện đời sống. Kinh phí thực hiện mục tiêu hỗ trợ phát triển sản xuất nông nghiệp chỉ có 3,2 % trong tổng kinh phí, không đủ tạo ra những mô hình trình diễn có tác dụng thuyết phục, làm thay đổi hiệu quả sản xuất của nông dân. Ngoài ra, công tác khuyến
nông chưa có phương pháp tiếp cận tốt với người nghèo. Thông tin khuyến nông chủ yếu xuất phát từ cơ quan khuyến nông nhà nước, Chưa phản ánh sát yêu cầu thực tế của sản xuất. Tập trung chủ yếu vào thông tin kỹ thuật, ít chú ý đến thông tin thị trường, cách thức quản lý kinh tế, tập trung vào sản xuất nông nghiệp, chưa mở sang các lĩnh vực ngành nghề phi nông nghiệp, đa dạng hoá sản xuất, kinh doanh.
Thứ ba, chưa chú ý đến công tác xây dựng đội ngũ và đòa tạo, tăng cường năng lực cho cán bộ cơ sở thôn bản và cộng đồng. Trong 7 năm qua, Chương trình 135 mới chỉ dành được khoảng 1% nguồn lực với số tiền 73,6 tỷ đồng cho dự án đào tạo cán bộ bản làng, phum sóc do địa phương thực hiện. Vì vậy năng lực cán bộ cơ sở và cộng đồng còn yếu gây nhiều khó khăn cho hoạt động phân cấp, phân quyền, tham gia quản lý và tham gia xây dựng chính sách của nhân dân. Đặc biệt so với các chương trình và dự án khác của nhà nước, Chương trình 135 không có bộ máy tham gia công tác vận động quần chúng chuyên trách cơ sở. Gánh nặng chính tập trung vào UBND xã với nguồn lực và lực lượng mỏng, công việc nhiều, thù lao ít ỏi. Vì vậy các hoạt động của chương trình chỉ tập trung vào hoàn thành công tác xây dựng cơ bản, không tổ chức được hoạt động cộng đồng. Tình trạng có xác chợ mà dân không họp chợ; có nhà văn hóa mà không có sinh hoạt cộng đồng ... diễn ra ở nhiều nơi.
Ngoài ra còn tồn tại một số hạn chế như : hệ thống cơ sở hạ tầng kinh tế-xã hội yếu kém, chưa đồng bộ; đường giao thông, các công trình hạ tầng quan trọng chủ yếu mới được đầu tư xây dựng ở các khu vực trung tâm xã, chưa đáp ứng yêu cầu phát triển sản xuất hàng hóa, tập trung và phục vụ nhu cầu cơ bản của đời sống nhân dân. Một số công trình hạ tầng xã hội ( nhà văn hóa xã, trạm y tế, trường lớp học, nước sinh hoạt... ) đã được đầu tư nhưng mới dừng lại ở cấp xã chưa tới được thôn bản trong khi đây mới là địa bàn sinh sống chủ yếu của đồng bào.