Nghị định thư AHTN là một Hiệp định cú nhiệm vụ xỏc định khung phỏp lý trong việc thi hành Danh mục AHTN, khẳng định lại vai trũ và tầm quan trọng của 6 quy tắc chung giải thớch hệ thống hài hũa và cỏc chỳ giải đối với cỏc quốc gia thành viờn.
Do trỡnh độ phỏt triển khỏc nhau, nờn hiệp định cũng chõm chước về thời hiệu cú hiệu lực đối với cỏc nước khỏc nhau trong khối: Tại 6 nước phỏt triển nhất của khối cú hiệu lực từ 7/8/2003, thời hiệu cuối cựng cú hiệu lực trong toàn khối là 1/1/2004. Khi Danh mục HS thay đổi hoặc bổ sung thỡ Danh mục thuế của cỏc quốc gia thành viờn cũng phải thay đổi cho phự hợp theo (theo quy định tại điều 5). Cú 10 điều khoản giỏm sỏt việc thi hành AHTN:
Điều 1: Mục tiờu. Điều 2: Nguyờn tắc. Điều 3: Cấu trỳc AHTN.
Điều 4: Nghĩa vụ cỏc nước thành viờn. Điều 5: Sửa đổi đối với AHTN.
Điều 6: Thủ tục sửa đổi. Điều 7: Cỏc thỏa thuận.
Điều 8: Trỏch nhiệm của Ban Thư ký Asean. Điều 9: Giải quyết tranh chấp.
Điều 10: Điều khoản cuối cựng.
Những nội dung chớnh của cỏc điều khoản:
- Nguyờn tắc hướng dẫn cỏc nước thành viờn (Điều 2):
+ Tớnh minh bạch: Cụng bố cụng khai, nhanh chúng và minh bạch cỏc luật, quy định về hành chớnh hướng dẫn liờn quan đến AHTN.
+ Tớnh nhất quỏn và hiệu quả: Cỏc nước thành viờn ỏp dụng nhất quỏn AHTN và đảm bảo AHTN được sử dụng trong quản lý hành chớnh, tạo điều kiện thuận lợi cho thương mại.
- Cơ cấu danh mục (Điều 3):
+ Danh mục AHTN cú mó số 8 số phự hợp với phiờn bản HS mới nhất trong đú việc thờm mó số 7 và thứ 8 cho mục đớch ASEAN.
+ Danh mục AHTN và chỳ giải bổ sung (Supplementary Explanatory Notes) gọi tắt là chỳ giải SEN liờn quan đến Phõn nhúm ASEAN được đưa
vào Nghị định thư và sẽ là một bộ phận khụng thể tỏch rời của danh mục AHTN.
- Nghĩa vụ cỏc quốc gia thành viờn (Điều 4):
+ Cỏc quốc gia thành viờn ỏp dụng AHTN đến cấp độ 8 chữ số cho tất cả cỏc giao dịch thương mại liờn quan đến thuế quan, cỏc sưu tập dữ liệu thống kờ và cỏc mục đớch khỏc, tuõn thủ cỏc quy tắc HS, cỏc chỳ giải Phần, Chương và Phõn nhúm.
+ Cỏc quốc gia thành viờn cú thể thờm cỏc Phõn nhúm AHTN vượt quỏ cấp độ 8 chữ số cho cỏc mục đớch quốc gia.
+ Cỏc sửa đổi AHTN chỉ được thực hiện theo quy định của Điều 5 và Điều 6.
- Giải quyết tranh chấp (Điều 9):
+ Cỏc quốc gia thành viờn khi cú sự bất đồng liờn quan đến việc giải thớch hoặc ỏp dụng Nghị định thư, được giải quyết thụng qua hũa giải giữa cỏc nước thành viờn. Nếu khụng thể giải quyết được, tranh chấp sẽ được trỡnh lờn Tổng giỏm đốc Hải quan ASEAN. Nếu vẫn khụng đạt được sự nhất trớ, tranh chấp sẽ được giới thiệu đến Hội nghị cỏc Bộ trưởng Tài chớnh ASEAN.
Như vậy Danh mục thuế quan hài hũa ASEAN được xõy dựng trờn cơ sở tuõn thủ hoàn toàn Danh mục HS ở cấp độ 6 chữ số và được chi tiết tới cấp độ 8 chữ số để cỏc nước ASEAN thống nhất ỏp dụng trong việc xõy dựng danh mục hàng húa cũng như biểu thuế của từng nước.