Sản xuất nông nghiệp và phát triển nông thôn có vai trò quan trọng trong nền kinh tế của nước ta. Với trên 70% dân số cả nước tham gia và hàng năm đóng góp khoảng 24% GDP và 30% giá trị xuất khẩu của cả nước. Kinh tế nông nghiệp và phát triển nông thôn tăng trưởng tương đối ổn định khoảng 4,5% năm đã góp phần làm thay đổi đáng kể bộ mặt nông thôn, giúp xoá đói, giảm nghèo, cải thiện mức sống cho người dân và cải thiện đáng kể cơ sở hạ tầng nông thôn.
Tuy nhiên, bên cạnh những thành tựu đạt được là vấn đề môi trường nảy sinh gây bức xúc và ngày càng đe dọa đến sự phát triển bền vững của ngành nông nghiệp và môi trường nông thôn. Đặc biệt các điểm nóng về môi trường như tài nguyên rừng và biển bị xuống cấp; đa dạng sinh học bị suy giảm; dịch cúm gia cầm; ô nhiễm môi trường nghiêm trọng từ hoạt động nuôi trồng thuỷ sản, chế biến thuỷ sản; suy thoái môi trường đất do xói mòn và canh tác quá mức trong sản xuất nông nghiệp; môi trường ao hồ, sông bị ô nhiễm do chất thải từ công nghiệp, nông nghiệp, làng nghề; ô nhiễm rác thải, nước thải sinh hoạt và chăn nuôi gia súc, gia cầm ở nông thôn...
Theo Bộ NN và PTNT, hiện cả nước có gần 5.000 nhà máy chế biến với quy mô công nghiệp các sản phẩm nông, lâm sản. Hàng năm, các nhà máy này thải vào môi trường khối lượng lớn
các chất thải ở cả 3 dạng khí, lỏng, rắn sinh ra trong quá trình sản xuất tiêu thụ năng lượng, tiêu thụ nước và các chất bị loại bỏ trong quá trình chế biến, đóng gói. Chất lượng nước ở nhiều cơ sở chế biến nông lâm sản bị ô nhiễm nghiêm trọng, một số nơi đã ở mức báo động. Nguyên nhân chính là do bất cập trong công tác quy
hoạch sản xuất; tổ chức thực hiện pháp luật liên quan còn yếu; các nguồn lực cho công tác bảo vệ môi trường trong chế biến nông lâm sản không đáp ứng nhu cầu. Một nghiên cứu của Viện Khoa học Công nghệ Môi trường, Đại học Bách Khoa cho thấy: ô nhiễm nước thải ở các làng nghề là rất nghiêm trọng, ảnh hưởng rõ rệt tới sức khoẻ của người lao động, dân cư và một số khu vực xung quanh. Các bệnh về đường hô hấp, đau mắt, bệnh ngoài da... gia tăng thậm chí dẫn tới các bệnh mãn tính nguy hiểm như ung thư, quái thai, nhiễm độc kim loại nặng. Chăn nuôi là ngành có nhiều chất thải gây ô nhiễm môi trường không khí ở nông thôn. Ô nhiễm nhiệt, ô nhiễm tiếng ồn và nguy cơ lây các bệnh từ vật nuôi sang người ngày càng tăng cao do công nghệ, phương thức và quy mô chăn nước ta còn lạc hậu, nhỏ, phân tán, xen lẫn trong khu dân cư. Nguyên nhân do khả năng đầu tư cho chăn nuôi còn rất hạn chế ở đa số nông dân nên việc đầu tư cho công tác bảo vệ môi trường trong chăn nuôi thường bị bỏ qua...
Việt Nam nằm trong khu hệ rừng mưa nhiệt đới nên rừng nước ta nổi tiếng về tài nguyên gỗ và đa dạng
sinh học. Tuy nhiên, diện tích rừng đã bị thu hẹp nhanh chóng, hàng năm có khoảng 100.000 ha rừng bị mất. Rừng ngập mặn đã giảm 80%, khoảng 96% các rặng san hô bị đe doạ huỷ hoại nghiêm trọng. Do mất nơi cư trú nhiều loài đã bị tuyệt chủng hoặc bị suy thoái như: heo vòi, tê giác, các loài bò rừng, công, trĩ, gỗ đỏ (La Ngà, Đồng Nai), gụ mật (Kỳ Thượng), táu (Hương Sơn), nghiến (Chí Linh) và nhiều loài khác như sao, sến, trò chỉ, hoàng đàn... Trong sách đỏ Việt
Nam đã ghi 407 loài động vật và 448 loài thực vật là những loài quý hiếm đang bị đe doạ. Áp lực ô nhiễm môi trường nông nghiệp từ phân bón đang có xu hướng gia tăng; việc sử dụng phân bón tuy chưa gây những ảnh hưởng nghiêm trọng cho chất lượng môi trường nông nghiệp, tuy nhiên tiềm ẩn nguy cơ tích luỹ một số kim loại nặng độc hại (Cu, Cd, Zn, Pb...) Áp lực ô nhiễm môi trường đất, môi trường nước và chất lượng nông sản bị suy giảm do sử dụng thuốc bảo vệ thực vật và bảo quản chưa đúng quy định nên đã gây ô nhiễm môi trường đất, nước, không khí và nông sản gây nhiều hậu quả nghiêm trọng. Suy thoái môi trường đất do sa mạc hoá khá nghiêm trọng trong nông nghiệp Việt Nam đặc biệt tại một số tỉnh miền Trung (Ninh Thuận, Quảng Trị, Quảng Bình...) khoảng 7.055.000 ha.
Nhằm bảo vệ đa dạng sinh học và hạn chế ô nhiễm môi trường, tại hội nghị tập huấn nâng cao nhận thức bảo vệ môi trường Ngành NN và PTNT diễn ra ngày 13/06/2009 tại Nghệ An, Bộ NN và PTNT đã đề ra một số giải pháp sau:
Đối với các làng nghề các cơ quan Nhà nước cần tiến hành, quy hoạch, tổ chức, phân bố lại sản xuất tại các làng nghề cho phù hợp với tính chất đặc thù của tưng loại hình làng nghề. Đối với người sản xuất và cộng đồng tại các làng nghề tăng cường công tác phổ biến, giáo dục, tuyên truyền vận động về vệ sinh môi trường, an toàn lao động đến tận hộ sản xuất cá thể và tổ chức xã hội. Đối với người chủ sản xuất tại các làng nghề cần tuân thủ các quy định về vệ sinh môi trường một cách chặt chẽ.
Trong lĩnh vực chế biến nông, lâm sản cần chú trọng công tác quy hoạch sản xuất chế biến. Giải pháp xử lý nước thải bằng biogas cần được khuyến cáo rộng rãi. Chú trọng công tác quy hoạch sản xuất chế biến; đầu tư công tác nghiên cứu khoa học về các công nghệ chế biến sạch hơn...
Xây dựng và triển khai các chính sách khuyến khích phát triển chăn nuôi "sạch", hỗ trợ xây dựng các công trình xử lý chất thải chăn nuôi. Quy hoạch chăn nuôi và đẩy mạnh quản lý nhà nước về môi trường trong chăn nuôi. Tăng cường hợp tác trong và ngoài nước về nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ nhằm bảo vệ môi trường trong chăn nuôi.
Lôi cuốn cộng đồng ngư dân tham gia các hoạt động
bảo vệ môi trường. Nâng cao nhận thức về bảo vệ môi trường và phát triển bền vững trong ngành thuỷ sản. Trong quá trình phát triển, hoạt động môi trường của ngành thuỷ sản cần phải phối hợp với các ngành kinh tế khác, đặc biệt là những ngành kinh tế phát triển trên biển và ở ven biển như du lịch, cảng biển, giao thông...
Giám sát chặt chẽ sử dụng các hoá chất dùng trong nông nghiệp như phân bón, thuốc bảo vệ thực vật. Tổ chức thu gom, xử lý, chôn lấp tập trung chất thải rắn, chất thải nguy hại để hạn chế ảnh hưởng đến môi trường nói chung và nguồn nước xung quanh. Ưu tiên đầu tư phát triển và bảo vệ rừng cũng như các biện pháp hoàn nguyên môi trường ở những khu vực đã bị
sa mạc hoá, các khu vực bị ảnh hưởng mạnh của xói mòn rửa trôi. Tuyên truyền, phổ biến, giáo dục, nâng cao nhận thức về quản lý bảo vệ rừng; đặc biệt nâng cao trách nhiệm của chủ rừng, chính quyền các cấp và sự tham gia của các ngành các tổ chức xã hội vào bảo vệ rừng.