Một chương trình kiểm tra đa dạng sinh học cần được quyết định xem có áp dụng những quy chế và phương thức quản lý tiên tiến tác động tích cực đến bảo tồn đa dạng sinh học hay không. Chương trình kiểm tra bao gồm bảy nhân tố chính sau:
Giám sát môi trường sống:
Viện điều tra quy hoạch (FIPI) sẽ tiếp tục giám sát những thay đổi hàng năm về độ che phủ rừng và mật độ rừng trên toàn đất nước bằng phương pháp điều tra viễn thám. Chương trình điều tra viễn thảm này kiểm chứng lại hàng loạt điều tra trên mặt đất của hơn 5000 khu vực điều tra phương vị trên toàn
quốc. Để công việc này thành công. Viện điều tra quy hoạch rừng cần phải hợp tác và phối hợp với rất nhiều bộ và cơ quan điều tra các lĩnh vực có liên quan.
Giám sát các điều kiện trên mặt đất:
Mỗi khu bảo tồn chính sẽ tiến hành một chương trình điều tra riêng theo chỉ đạo quốc gia. Một chương trình điều tra rừng trên 5000 khu vực mẫu đang được triển khai và phải được tiếp tục. Loại hình giám sát này vì thế là một bộ phận của những dự án rừng đặc dụng cá thể được trình bày trong BAP.
Giám sát về các loài chỉ thị:
Việc điều tra các loài cụ thể phải được tiếp tục tiến hành về tình trạng và phân bố của các loài chủ yếu và bức xúc. Những điều tra như thế sẽ được phối hợp giữa Bộ Lâm nghiệp và Viện điều tra quy hoạch rừng nhưng sẽ được tiến hành bởi các nhà khoa học. Một danh mục những yếu tố điều tra phải được xây dựng.
Giám sát các dữ liệu:
Một chương trình cần phải được vạch ra cùng với rất nhiều loại thông tin khác nhau và kết quả phân tích dữ liệu cho một cái nhìn sâu vào xu hướng và những chỉ dẫn về quản lý. Vì vậy cần phải xây dựng trung tâm dữ liệu đa dạng sinh học (dự án C6) đảm bảo
duy trì cơ sở dữ liệu về tổng thể các loài, môi trường sống, vị trí gắn với việc lập bản đồ và khả năng của hệ thống thông tin địa lý. Một bộ phận đặc biệt có thể là cơ sở dữ liệu đa dạng sinh học biển như mô tả trong dự án C7.
Trung tâm này sẽ bao gồm một mạng lưới gắn những cơ sở hiện có tại Viện Điều tra quy hoạch rừng, Bộ Tài chính, Viện sinh thái và tài nguyên sinh học và một văn phòng điều phối mới phải được thành lập trong Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
Ba dự án quốc tế sẽ là phương tiện giúp đõ xây dựng mạng lưới này - việc đào tạo hệ thống thông tin địa lý trong khuôn khổ dự án GEF; được hỗ trợ thông qua dự án của ngân hàng thế giới xem xét lại hệ thống các khu vực bảo vệ của khu vực Indonexia, Malayan; và vùng RAS/93/102 với bộ phận chung dữ liệu xuyên biên giới của nó.
Giám sát về quản lý:
Cần phải Giám sát kỹ hơn và đánh giá về hiệu quả quản lý. Mỗi luận chứng kinh tế kỹ thuật phải bao gồm một chương trình phù hợp cho việc Giám sát như thế và xem xét lại quá trình khi nào những thủ tục hành chính được xem xét lại và sửa đổi nếu cần thiết.
Trong hầu hết mọi trường hợp, hình thức Giám sát mạnh nhất phải được thiết kế trên cơ sở tuần tra định kỳ và báo cáo chức năng của lực lượng kiểm lâm. Kiểm lâm phải thường xuyên tuần tra khảo sát và các mẫu báo cáo phải được lập để ghi chép lại ba loại thông tin chính - thông tin về điều kiện sống, thông tin về sự phong phú và vị trí của các loài động vật hoang dại và thông tin về mức độ hoạt động của con người .
Giám sát về trữ lượng cá:
Trong khi Ban bảo vệ tài nguyên thuỷ sản tiến hành điều tra về sản lượng đánh bắt cả toàn diện ở quy mô địa phương, thì sẽ có hiệu quả hơn nếu các nhà khoa học cũng tích cực tham gia vào việc điều tra về ngư nghiệp, tập trung vào các loài bị khai thác quá mức hoặc bị suy giảm và tại các khu vực dễ bị thương tổn nơi làm ngư nghiệp rất dễ tác động bất lợi do khai thác quá độ hoặc làm suy giảm môi trường. Điều này phải được gắn với Cơ sở dữ liệu đa dạng sinh học biển được đề xuất xây dựng dự án C7.
Giám sát về các thông số vật chất:
Cục môi trường quốc gia trong Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường sẽ điều phối một chương trình Giám sát quốc gia để Giám sát về các biểu hiện vật chất của môi trường. Một chương trình như vậy phải gồm:
Giám sát khí hậu gồm những dự báo địa cầu, mức độ CO2, khí nhà kính, mưa a xít.
Ô nhiễm không khí - bụi và khí:
Nước tải phù sa ra sông và vừng nước ven biển.
Ô nhiễm nước - kim loại, chất độc, dẫn điện.
Các mô hình dòng chảy, mạch nước ngầm.
Các phòng ban và tổ chức khác nhau phải tham gia vào việc làm mẫu và thu thập dữ liệu nhưng những thông tin như thế phải được tập hợp lại để phân
tích tại trung tâm quy hoạch dữ liệu môi trường trong tương lai Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường. Chương trình này không phải là một bộ phận của BAP, nhưng kiểm soát ô nhiễm được bao trùm trong dự án P4.