* Một số cơ quan, đơn vị cha có sự nhận thức thống nhất đầy đủ mục đích, ý nghĩa, sự đổi mới trong quản lý theo Nghị định 10/2001/NĐ-CP ngày 16/01/2002 của Chính phủ. Các đơn vị còn cho rằng việc giao quyền tự chủ tài chính cho các đơn vị sự nghiệp có thu là việc “đem con bỏ chợ” của các cơ quan quản lý Nhà nớc, một số đơn vị còn quan niệm rằng giao quyền tự chủ tài chính thì đơn vị sẽ gặp khó khăn về nguồn kinh phí hoạt động, vì vậy gặp khó khăn trong việc thực hiện nhiệm vụ đợc giao. Các đơn vị cha nhận thức đợc rằng việc áp dụng cơ chế giao quyề tự chủ tài chính cho các đơn vị theo tình thần của Nghị định 10 là nhằm thực hiện một bớc cải cách hành chính ở địa ph- ơng trong các lĩnh vực : Sự nghiệp giáo dục - đào tạo, y tế, văn hóa, thể dục thể thao, sự nghiệp kinh tế; tạo quyền tự chủ cho các đơn vị sự nghiệp có thu, khuyến khích các đơn vị tăng thu, sử dụng kinh phí có hiệu quả, chủ động tổ
chức sắp xếp biên chế đợc giao, mở rộng và nâng cao chất lợng hoạt động sự nghiệp, tăng thu nhập cho ngời lao động. Việc nhận thức không đầy đủ tinh thần của Nghị định 10/2002/ND-CP là một cản trở chủ trơng cải cách hành chính ở địa phơng.
* Vai trò của thủ trởng đơn vị trong việc chủ động rà soát, sắp xếp, tổ chức lại lao động còn hạn chế.
Do trớc đây khi cha thực hiện cơ chế tự chủ tài chính, việc tổ chức nhân lực trong các đơn vị sự nghiệp có thu không phải do một mình thủ trởng đơn vị quyết định, nó còn chịu sự chi phối của các bộ phận khác, của cơ quan chủ quản, vì vậy khi bớc sang áp dụng cơ chế mới, thủ trởng các đơn vị cũng nh cán bộ công nhân viên trong đơn vị cha nhận thức đợc vai trò của thủ trởng đơn vị trong việc tổ chức sắp xếp lại lao động trong đơn vị.
Hơn nữa các đơn vị sự nghiệp có thu hầu hết đợc thành lập từ lâu nên việc sắp xếp lại lao động là rất khó khăn vì ngời lao động đã quen làm việc với vị trí cũ. Và việc thay đổi, sắp xếp lại lao động nhiều khi ảnh hởng đến lợi ích của các cá nhân trong đơn vị, và chịu sự ràng buộc của các mối quan hệ trong đơn vị. Vì vậy thủ trởng các đơn vị sự nghiệp đợc giao quyền tự chủ tài chính không dễ gì chủ động tổ chức, sắp xếp lại biên chế trong đơn vị mình.
Các ban, ngành, cơ quan chủ quản cha có văn bản hớng dẫn cụ thể quy định trách nhiệm, quyền hạn của thủ trởng đơn vị sự nghiệp có thu phổ biến đến cán bộ công nhân viên chức trong đơn vị, làm cho họ hiểu đợc mục đích, ý nghĩa của quy định.
Những nguyên nhân trên đây đã làm cho vai trò của thủ trởng đơn vị trong việc chủ động rà soát, sắp xếp, tổ chức lại lao động không đợc thể hiện một cách đầy đủ và nh vậy sẽ làm ảnh hởng đến kết quả hoạt động của đơn vị sau khi đợc giao quyền tự chủ tài chính.
* Một số đơn vị sự nghiệp có thu trình độ quản lý tài chính của kế toán và thủ trởng đơn vị còn thấp, cha đáp ứng yêu cầu trong công tác quản lý thu chi tài chính.
Trong một số đơn vị sự nghiệp có thu đội ngũ kế toán, cán bộ tài chính trong các đơn vị sự nghiệp còn thấp, cha đơc đào tạo nâng cao trình độ. Trớc đây khi cha giao quyền tự chủ tài chính, công việc kế toán của các đơn vi sự nghiệp nói chung thực hiện khác so với khi đợc giao quyền tự chủ tài chính. Khi thực hiện cơ chế mới gặp nhiều khó khăn do trình độ còn nhiều hạn chế. Thủ tr- ởng các đơn vị sự nghiệp thông thạo chuyên môn nghiệp vụ, còn kiến thức về quản ly tài chính trong đợn vị hầu nh còn thấp. Việc quản lý và sử dụng tài sản trong đơn vị cha đem lại hiệu quả cao nhất, cha áp dụng đầy đủ chế độ trích khấu hao tài sản cố định do nhà nớc quy định. Chất lợng dự toán, quyết toán kinh phí của đợn vị lập cha cao. Việc quản lý khoản thu chi trong đơn cha chặt chẽ.
Các quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị xây dựng cha khoa học, cha phù hợp với tình hình thực tế của đơn vị, cha đảm bảo yêu cầu tiết kiệm và hiệu quả. Các quy chế nội bộ của các đơn vi sự nghiệp có thu loại I đa xây dựng trớc khi giao quyền tự chủ tài chính thì nay đã không còn phù hợp, nhng các đơn vị chận trễ trong việc bổ sung sửa đổi. Đối với các đơn vị sự nghiệp có thu loại II sau khi đợc giao quyền tự chủ tài chính tiến hành xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ nhng quy chế chi tiêu nội bộ cũng không đảm bảo các yêu cầu nh trên. Các tồn tại tồn tại trên đều xuất phát từ nguyên nhân trình độ quản ly tài chính kế toán của các thủ trởng và cán bộ kế toán của các đơn vị sự nghiệp có thu còn hạn chế, đây là một nguyên nhân cần phải khắc phục, không đợc để kéo dài gây ảnh hởng đến hoạt động của đơn vị.