Tần suất lấy mẫu là số mẫu cần phải lấy trong một chu kỳ nhất định. Tùy thuộc vào yêu cầu của cơng tác quản lý mơi trƣờng, đặc điểm nguồn nƣớc mà xây dựng tần suất lấy mẫu thích hợp. Thiết kế tần suất lấy mẫu phải dựa trên quan điểm thống kê và yêu cầu của mục tiêu quan trắc. Khi cĩ những thay đổi theo chu kỳ hay thƣờng xuyên, cần thiết kế khoảng thời gian đủ ngắn giữa hai lần lấy mẫu liên tiếp để phát hiện đƣợc những thay đổi. Tần suất thu mẫu càng cao thì việc đánh giá diễn biến chất lƣợng mơi trƣờng càng hiệu quả. Thời gian và tần suất quan trắc nƣớc mặt đƣợc quy định nhƣ sau:
- Nếu tần suất đo 1 tháng 1 lần thì đối với mỗi địa điểm quan trắc cần đo vào 1-2 ngày xác định trong tháng.
- Nếu 2 tháng đo 1 lần thì đối với mỗi địa điểm quan trắc cần đo vào 1-2 ngày xác định trong các tháng 1, 3, 5, 7, 9, 11.
- Nếu quan trắc theo quý thì cần đo đạc vào 1-2 ngày xác định trong các tháng 2, 5, 8, 11 hàng năm.
- Cần quan trắc vào các ngày khơng mƣa. Nếu các ngày đã xác định trên bị mƣa thì sẽ tiến hành vào các ngày tiếp theo, sau ngày mƣa tối thiểu là một ngày. Số lần lấy mẫu nƣớc mặt là 2 lần: một lần vào buổi sáng từ 8-12h, một lần vào buổi chiều từ 14 – 17h.
- Tần suất quan trắc nền: tối thiểu 01 lần/tháng. - Tần suất quan trắc tác động: tối thiểu 01 lần/quý.