Chủ yếu từ cụm công nghiệp Bình Tân với ngành sản xuất chính chế biến thủy sản, dệt, nhuộm, thuốc lá, song mây. Trong đó, đặc biệt chú ý nhà máy F 90 và xí nghiệp Chitosan vì 2 cơ sở này thải trực tiếp nước thải ra khu vực Cửa Bé mà hầu như nước thải chưa được xử lý (Lê Thị Vinh, 2008).
Bảng 3.1: Thống kê các doanh nghiệp chế biến thủy sản Nha Trang
TT Tên doanh nghiệp chế biến Địa chỉ Ngành kinh doanh
1 Công ty thực phẩm Anh Đào. 28B Phước Long, Bình Tân
Chế biến thủy sản đông lạnh xuất khẩu.
2 Công ty cổ phần Hải sản Nha Trang.
194 Lê Hồng Phong
Chế biến thủy sản đông lạnh xuất khẩu.
3 Xí nghiệp khai thác và Dịch
vụ thủy sản Khánh Hòa. 10 Võ Thị Sáu
Chế biến thủy sản đông lạnh xuất khẩu.
4 Công ty TNHH thương mại Việt Long.
2/7B Tân An, Bình
Tân Chế biến tôm xuất khẩu.
5 CT TNHH Thiên Long. 6 Phước Long, Bình Tân
Chế biến đồ hộp thủy sản, đông lạnh xuất khẩu.
6 Công ty TNHH thủy sản Vân Như.
28B Phước Long, Bình Tân
Chế biến thủy sản, nông sản, đông lạnh xuất khẩu.
7 Công ty TNHH Khải Thông 580 Lê Hồng
Phong Chế biến thủy sản khô.
8 Công ty TNHH Hoàn Mỹ. 45 Trường Sơn, Vĩnh Trường
Chế biến thủy sản khô xuất khẩu.
9 Công ty TNHH Huy Quang. Phước Thượng, Phước Đồng
Chế biến thủy sản khô xuất khẩu.
10
Công ty chế biến thực phẩm
Việt Trung. 3 Trường Sơn,
Vĩnh Trường
Chế biến thủy sản đông lạnh xuất khẩu.
11 Doanh nghiệp tư nhân Chín Tuy.
69 Trường Sơn, Vĩnh Trường
Chế biến thủy sản khô xuất khẩu.
12 Công ty TNHH Thiên Anh. Số 2 đường 13 Phước Long
Chế biến thủy sản đông lạnh xuất khẩu và nội địa.
13 Công ty cổ phần thực phẩm
và dịnh vụ tổng hợp. 06 Tô Vĩnh Diện
Chế biến đông lạnh xuất khẩu, nội địa.
14 Công ty TNHH Hạnh Quyến. 1 Võ Thị Sáu Chế biến khô xuất khẩu.
15 Công ty TNHH Hoàn Mỹ. 45 Trường Sơn,
Vĩnh Trường Chế biến khô xuất khẩu.
16 Công ty TNHH Chấn Hưng. 52A Võ Thị Sáu, Vĩnh Trường
Chế biến thủy sản, thủy sản khô.
17 Doanh nghiệp tư nhân Hồng Phát.
21 Lý Nam Đế, Phước Long
Chế biến đông lạnh, khô xuất khẩu, nội địa.
18 Công ty TNHH Đại Dương. 59 Cao Thắng, Phước Long
Xuất khẩu cá ngừ đại dương, thủy sản đông lạnh
19 Công ty TNHH Thủy sản
Khánh Hòa. Phước Đồng Chế biến đông lạnh, khô
xuất khẩu, nội địa.
20 Doanh nghiệp tư nhân Hùng Dũng.
73 Trường Sơn,
Bình Tân Chế biến khô xuất khẩu.
21 Công ty TNHH Thịnh Hưng. 99 Đường 23/10 Chế biến đông lạnh, xuất khẩu, nội địa.
Ngoài ra, chất thải thải vào khu vực Cửa Bé còn từ các hộ sản xuất kinh doanh và tiểu thủ công nghiệp. Xã Phước Đồng có 141 hộ hoạt động sản xuất kinh doanh và làm nghề tiểu thủ công nghiệp nhỏ lẻ (2011). Chất thải chưa qua xử lý từ các hộ kinh doanh này một phần cũng thải ra khu vực Cửa Bé.
Phường Vĩnh Trường với hoạt động của các doanh nghiệp tư nhân sơ chế hàng hải sản xuất khẩu tương đối ổn định. Chế biến nước mắm qua kiểm tra năm 2010 có 31 hộ cá thể và 10 công ty (TNHH, DNTN), đưa vào chế biến 10.068 tấn cá để được 10.068 lít nước mắm. Hoạt động chế biến nước mắm ở phường Vĩnh Trường cũng thải vào Cửa Bé một lượng lớn chất thải mà chưa qua xử lý.