Có hai hình thức tiến hành kiểm toán môi trường: kiểm toán nội bộ và kiểm toán từ bên ngoài.
Kiểm toán nội bộ là việc tự đánh giá các hoạt động và việc thi hành các quy định về môi trường của mình nhằm rút ra các bài học cải thiện công tác quản lý môi trường của cơ sở, khắc phục các nguyên nhân gây ô nhiễm môi trường, cải thiện hệ thống quản lý môi trường của cơ sở.
Kiểm toán môi trường từ bên ngoài là việc tổ chức đánh giá sự tuân thủ các quy định môi trường của các nhà thầu phụ, các nhà cung ứng vật tư, hay các đại lý của nhà sản xuất xem họ có tuân thủ các quy định môi trường và có đáng tin cậy hay không, hoặc việc đánh giá sự tuân thủ các quy định môi trường của cơ sở sản xuất do một bên thứ ba tiến hành theo yêu cầu của khách hàng.
Có một số dạng kiểm toán môi trường: kiểm toán chất thải, kiểm toán sự tuân thủ các quy định và chính sách môi trường, kiểm toán những địa điểm có các vấn đề về môi trường, kiểm toán sự tuân thủ các nguyên tắc phòng ngừa ô nhiễm, kiểm toán việc thực hiện các công tác bảo vệ môi trường. Trong thực tế ở nước ta hiện nay, kiểm toán chất thải là loại hình đang phổ biến và phát triển. Một số báo cáo ĐTM các cơ sở đang hoạt động được xây dựng theo nội dung báo cáo kiểm toán môi trường.
Kiểm toán môi trường phải trả lời được các câu hỏi mà các nhà quản lý công ty đưa ra:
- Chúng tôi đang làm gì? Cụ thể, liệu có phải tuân thủ tất cả các luật, quy định của Chính phủ, các hướng dẫn hay không?
- Chúng tôi có thể làm tốt hơn không? Cụ thể ở những quy định không được quy định, các hoạt động có thể được tăng cường để giảm thiểu tác động môi trường? - Chúng tôi có thể làm điều đó với chi phí rẻ hơn không?
- Chúng tôi phải làm gì nữa
Mục đích của kiểm toán môi trường là giúp bảo vệ môi trường, sức khoẻ và an toàn bằng các biện pháp:
- Tạo điều kiện cho việc kiểm toán, quản lý các thực tế môi trường.
- Đánh giá sự tuân thủ các chính sách của công ty, kể cả việc đáp ứng các yêu cầu về quy chế.
Kiểm toán môi trường là một công cụ quản lý chỉ có giá trị khi được hình thành trong một hệ thống quản lý tổng thể. Nó không thể đứng đơn độc, nó là công cụ giám sát trợ giúp việc ra quyết định và giám sát quản lý.