3.3.1 Tự chủ về xây dựng và thực hiện nhiệm vụ
Viện Nghiên cứu Thương mại phải tự chủ về xây dựng và thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu khoa học của mình. Bởi Nghị định 115/2005 NĐ – CP đã quy định rõ việc được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh như một doanh nghiệp. Trong quá trình xây dựng Nghị định, Ban soạn thảo đã thảo luận rất nhiều với các nhà khoa
học, các cơ quan quản lý Nhà nước, các viện, trường về vấn đề này và cuối cùng đã nhận được sự nhất trí cao. Bởi lẽ không thể yêu cầu một tổ chức KH&CN nào nói chung và Viện Nghiên cứu Thương mại nói riêng hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp nếu không cho phép nó có đầy đủ tư cách của doanh nghiệp, mà tư cách đó được thể hiện bằng Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.
Khi đã hoạt động như một doanh nghiệp, Viện Nghiên cứu Thương mại cũng sẽ được bình đẳng trong hoạt động sản xuất kinh doanh, nghĩa là cũng có quyền quyết định xuất khẩu, nhập khẩu trực tiếp công nghệ và sản phẩm thuộc lĩnh vực chuyên môn của đơn vị; được liên doanh, liên kết sản xuất với mọi tổ chức và cá nhân ở trong và ngoài nước; được trực tiếp mời chuyên gia nước ngoài vào làm việc và cử cán bộ ra nước ngoài công tác.
Ngoài ra, Viện Nghiên cứu Thương mại sẽ được tự xác định nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và xây dựng các kế hoạch thực hiện mà trước đây thường do cơ quan chủ quan quyết định.
3.3.2 Tự chủ về tài chính và tài sản
Đây là lĩnh vực có nhiều vướng mắc nhất trong hoạt động cỉa các tổ chức khoa học và công nghệ nói chung và Viện Nghiên cứu thương mại nói riêng trong nhiều năm qua, và cũng là lĩnh vực quan trọng nhất, có tính chất chi phối trong cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các tổ chức khoa học và công nghệ Nhà nước. Từ trước tới nay, các tổ chức khoa học và công nghệ của nhà nước đựoc hưởng chế độ bao cấp về kinh phí hoạt động thường xuyên, và chính điều này đã tạo nên cơ chế xin-cho và sự trì trệ trong hoạt động NCKH và ứng dụng công nghệ của Viện.
Nghị định 115 đã làm thay đổi căn bản phương thức cấp kinh phí từ ngân sách nhà nước. Các tổ chức khoa học và công nghệ sẽ được cấp kinh phí theo nhiệm vụ được Nhà nước giao, đặt hàng hoặc thông qua đấu thầu, tuyển chọn nhiệm vụ. Đến năm 2010 bắt buộc các tổ chức khoa học và công nghệ phải chuyển đổi mô hình thành tổ chức khoa học và công nghệ tự trang trải kinh phí hoạt động hoặc doanh nghiệp khoa học công nghệ.
Nghị định cũng xác định các tổ chức khoa học và công nghệ nghiên cứu cơ bản, hoạch định chiến lược, chính sách quản lý nhà nước khó có điều kiện sản xuất kinh doanh, thì cần có sự hỗ trợ của Nhà nước mới đảm bảo được hoạt động của mình. Vì vậy, nhóm các tổ chức này tiếp tục được cấp kinh phí hoạt động thường xuyên và hàng năm có điều chỉnh cho phù hợp với tình hình cụ thể, theo hình thức cấp khoán tương ứng với nhiệm vụ được giao.
Một điểm mới quan trọng nữa là các tổ chức khoa học và công nghệ sẽ được Nhà nước giao quyền sử dụng tài sản cho sản xuất kinh doanh và NCKH, chi phí khấu hao tài sản cố định sẽ được để lại đầu tư tăng cường cơ sở vật chất, đổi mới trang thiết bị. Đây cũng là một yếu tố để các tổ chức khoa học và công nghệ được bình đẳng như doanh nghiệp khi sản xuất kinh doanh. Việc giao tài sản cho tổ chức khoa học và công nghệ phải đảm bảo các tổ chức này không chạy theo sản xuất kinh doanh mà không thực hiện tốt chức năng NCKH, làm thất thoát tài sản của Nhà nước. 3.3.3 Tự chủ về tổ chức và biên chế
Ngoài một số quyền tự chủ như: thủ tướng tổ chức KH&CN hay ở đây là Viện trưởng được quyết định việc thành lập, giải thể các tổ chức trực thuộc theo nhu cầu và hiệu quả công việc, bổ nhiệm, miễn nhiệm cấp trưởng, cấp phó của các tổ chức trực thuộc, quyết định hình thức thi tuyển hoặc xét tuyển khi tuyển dụng viên chức, quyết định bổ nhiệm vào ngạch viên chức đối với những người được tuyển chọn từ ngạch nghiên cứu viên và tương đương trở xuống, ký hợp đồng làm việc lần đầu đối với số biện chế sau khi đã qua tuyển dụng hàng năm, Nghị định nêu hai vấn đề cần quan tâm:
+ Tăng thêm quyền hạn cho thủ trưởng tổ chức KH&CN được quyết định nâng bậc lương (đúng, trước thời hạn và vượt bậc) trong cùng ngạch và quyết định chuyển ngạch viên chức từ ngạch nghiên cứu viên chính và tương đương trở xuống
+ Cho phép bổ nhiệm vào các chức vụ lãnh đạo của tổ chức KH&CN đối với người đã làm việc theo chế độ hợp đồng không xác định thời hạn có thời gian từ 3 năm trở lên.
Hiện nay, Bộ KH&CN đang phối hợp với các Bộ, ngành xây dựng và ban hành các văn bản hướng dẫn thực hiện Nghị định, trong đó sẽ có các thông tư liên tịch với Bộ nội vụ, Bộ Tài chính hướng dẫn các tổ chức KH&CN thực hiện thủ tục chuyển đổi, tự chủ về tài chính. Ngoài ra, các Bộ, ngành, tỉnh, thành phố cũng sẽ phải khẩn trương phân loại các tổ chức KH&CN trực thuộc để có cơ chế mới.