Công ty VINATA được liên doanh giữa một bên đối tác Nhật Bản và một bên là doanh nghiệp Nhà nước: Tổng công ty VINACONEX. Tỷ lệ góp vốn: Nhật Bản chiếm 71% ; Việt Nam chiếm 29%; phía Nhật Bản góp vốn bằng tiền mặt, phía Việt Nam góp vốn bằng nhà xưởng và quyền sử dụng đất. Mặt khác, trong cơ cấu lãnh đạo Công ty, thành viên phía Nhật Bản chiếm đa số trong Hội đồng thành viên và đương nhiên vị trí Tổng giám đốc thuộc về người Nhật. Điều
đó cũng được ghi nhận trong Hợp đồng liên doanh và Điều lệ của Công ty. Cơ cấu như trên đã cho thấy, quyền quyết định những vấn đề lớn của liên doanh sẽ thuộc về bên có tỷ lệ góp vốn cao hơn, chiếm đa số hơn. Đây cũng là thực trạng chung của các doanh nghiệp liên doanh nước ngoài hiện nay.Cơ cấu tổ chức quản lý bộ máy của VINATA có những đặc điểm riêng biệt, vì vậy, việc thay đổi cơ cấu hiện tại là điều rất khó khăn.
Về lĩnh vực kinh doanh, hiện nay, công ty mới chỉ tập trung vào hoạt động xây lắp hay còn gọi là “độc canh” trong xây dựng mà chưa phát huy khai thác được hết năng lực tư vấn thiết kế xây dựng, tư vấn giám sát thi công.
Về năng lực kinh doanh, VINATA vẫn chưa đủ năng lực về thi công lắp đặt điện nước (M & E) cho các công trình lớn về công nghiệp, công trình xây dựng nhà máy ... trong khi đó phần việc này so với xây lắp thì thường chiếm tỷ lệ giá trị cao, chi phí thấp, thi công nhanh, tỷ lệ lãi cao, ít có rủi ro. Năng lực máy móc thiết bị và khả năng thi công xây dựng hạ tầng, cầu, đường giao thông còn yếu.
Về thị trường, công ty kinh doanh thị trường trong nước, chưa có khả năng vươn ra được thị trường nước ngoài. Khai thác thị trường chủ yếu là các dự án có vốn đầu tư nước ngoài, còn dè dặt với các dự án có vốn đầu tư phát triển của Nhà nước, còn phụ thuộc rất lớn vào công ty TAISEI trong việc tìm kiếm dự án.