- ID: SRNAT00392 Sự điều hòa: Hoạt hóa.
ATGGCAGTAAAAGTCGGTAT TAACGGTTTT GGTCGTATTG GACGTAACGT ATTCCGCGCA GCATTAAACA ATCCTGAAGT TGAGGTAGTA GCGGTTAACG ATTTAACAGA TGCTAACATG
GCATTAAACA ATCCTGAAGT TGAGGTAGTA GCGGTTAACG ATTTAACAGA TGCTAACATG CTGGCTCACC TTTTACAATA TGATTCTGTA CACGGAAAAT TAGACGCTGA AGTTTCAGTT GACGGTAACA ACCTTGTTGT TAACGGCAAA ACAATTGAAG TTTCTGCAGA ACGCGATCCT GCTAAACTTA GCTGGGGCAA ACAAGGCGTT GAAATCGTAG TTGAATCTAC TGGTTTCTTC ACAAAACGCG CAGACGCTGC GAAACACTTA GAAGCTGGCG CGAAAAAAGT AATCATCTCT GCTCCTGCTA ACGAAGAAGA TATCACAATC GTTATGGGTG TTAACGAAGA TAAATACGAT GCGGCTAACC ACGATGTTAT CTCTAACGCA TCTTGCACAA CAAACTGCCT TGCGCCGTTT GCAAAAGTAC TTAACGATAA ATTCGGCATC AAACGCGGTA TGATGACAAC TGTTCACTCT TACACAAACG ATCAGCAAAT CCTTGATCTT CCGCACAAAG ACTACCGTCG TGCGCGTGCA GCAGCTGAAA ACATCATCCC AACATCAACT GGTGCTGCTA AAGCAGTTTC TCTAGTTCTT CCTGAACTAA AAGGCAAACT GAACGGTGGA GCAATGCGTG TTCCAACTCC AAACGTTTCT CTAGTTGACT TGGTTGCTGA ACTGAACCAA GAAGTAACAG CTGAAGAAGT AAACGCAGCT CTTAAAGAAG CGGCTGAAGG CGACCTTAAA GGAATCCTTG GCTACAGCGA AGAGCCATTA GTTTCTGGCG ACTACAACGG AAACAAAAAC TCTTCTACAA TCGATGCTCT TTCTACAATG GTTATGGAAG GCAGCATGGT AAAAGTAATC TCTTGGTACG ATAACGAAAG CGGCTACTCT AACCGCGTTG TTGACCTTGC AGCTTACATC GCAAAAAAAG GTCTTTAA
- Vị trí sRNA gắn vào: 54…86 - Vị trí mục tiêu gắn vào: -5…24 - Tương tác: - Target 5'-caatcatggcagtaaaagtcggtatt-3' - ||||| |||||. |.||| ||.. - sRNA 3'-gttagaaccgtttg--ttagc-atgg-5'
- Cơ chế: sr1 hoạt động như một peptide mã hóa mRNA trên operon gapA
Hình 2.10: Cơ chế của sr1.
Chức năng: Các small ncRNA đã được tìm thấy trong điều hòa biểu hiện gen trong cả ba giới của sự sống. Cho đến nay small RNA từ vi khuẩn Gram dương ít được biết đến nhiều. SR1 là một small RNA trong nhiễm sắc chất của Bacillus Subtilis, nó ức chế bằng
cách bắt đầu dịch mã cặp base của mRNA ahrC mã hóa một nhân tố kích hoạt phiên mã của operon catabolic arginine. Cả hai phương pháp microarray và Northern blot đều cho thấy rằng số lượng operon GapA tăng lên đáng kể khi tế bào được nuôi cấy trong môi trường phức tạp có sự hiện diện của SR1. Dịch mã LacZ và phân tích toeprinting đã chứng minh được rằng SR1 không thúc đẩy dịch mã của mRNA GapA. Ngược lại, half- life của operon GapA mRNA đã giảm mạnh trong chủng SR1 knockout strain. SR1 không hoạt động như một base sRNA trên operon GapA mRNA. Thay vào đó, đã chứng minh được 39aa peptide mã hóa bởi SR1, SR1P chịu trách nhiệm về hiệu quả của SR1 trên operon GapA. SR1P liên kết với GapA tạo sự ổn định cho operon GapA mRNA bằng một cơ chế chưa biết được. SR1 là một sRNA có chức năng kép đầu tiên được tìm thấy trong Bacillus Subtilis.
2.2.5. Các small RNA chưa rõ chức năng:
Gồm các sRNA bsrC, bsrD, bsrE, bsrF, bsrH, bsrG, bsrL, csfG, surA, surC.
Hình 2.12: Cấu trúc bậc hai của BsrF.
2.3. Phương pháp phát hiện ncRNA:
2.3.1. Phương pháp thực nghiệm:
Northern blot: phương pháp này cho phép phát hiện sự có mặt, kích thước trọng lượng của các phân tử RNA trong các mẫu khác nhau. Hầu hết các ncRNA đề cập đến được phát hiện bởi phương pháp Northern Blot.
Northern Blot là một trong những công cụ cơ bản nhất và mạnh mẽ được sử dụng trong phân tích biểu hiện gen. Đây là một phương pháp đang tin cậy và được sử dụng rộng rãi trong mô tả các đặc tính ổn định của RNA. Phân tích RNA là một phương pháp mạnh mẽ để theo dõi hoạt động của một gen nội sinh hoặc giới thiệu gen trong các dòng tế bào đặc biệt hoặc các mô. Northern blot có một số lợi thế. Sự biểu hiện của gen thường phức tạp, nhiều phân tử RNA có thể được thể hiện từ một gen đơn lẻ và hàng ngàn RNA được tạo ra chỉ từ một tế bào hoặc vi sinh vật. Northern Blot phân tích đồng thời có thể cung cấp thông tin về loài, kích cỡ và mức độ biểu hiện của sự đa dạng các RNA.
Sự phát hiện liên tục các small RNA bằng cách sử dụng trình tự high-throughput đã đặt ra sự cần thiết cho các phương pháp đáng tin cậy để phát hiện và theo dõi mức độ biểu hiện của small RNA. Hiện nay Northern blot là phương pháp được sử dụng rộng rãi nhất để xác nhận các small RNA như là high-throughput sequencing. Phương pháp này dựa trên protocol (LED) cho các RNA , phát hiện bằng cách sử dụng đầu dò nhãn DIG, có chứa khóa axit nucleic (LNA) và 1-etyl-3-(3-dimetylaminopropyl) carbodiimide cho qua RNA liên kết với màng tế bào. LED tạo ra một tín hiệu hiển thị cho small RNA ở nồng độ thấp. Phương pháp này đòi hỏi phải có ít nhất một vài giây tiếp xúc với màng, tiếp xúc càng lâu càng tốt. Ngược lại phương pháp sử dụng đồng vị phóng xạ độc hại, nguy hiểm, đầu dò LED có thể được lưu trữ ít nhất là 6 tháng, tạo điều kiện thuận lợi hơn, nhanh hơn, chi phí rẻ hơn và thân thiện với môi trường hơn.
Tìm ra cấu trúc ncRNA từ quá trình phân tích thực nghiệm đòi hỏi nhiều thời gian và công sức. Do vậy, nhiệm vụ của tin sinh học là dự đoán cấu trúc của ncRNA, từ đó kiểm tra lại bằng phương pháp thực nghiệm.
Tin sinh học: là một lĩnh vực khoa học kết hợp hoàn hảo giữa các nghành toán học ứng dụng, tin học, thống kê, khoa học máy tính, trí tuệ, hóa học và đặc biệt là sinh học.
Với sự trợ giúp của tin sinh học, sinh học phân tử đã có thêm một công cụ mạnh mẽ. Nhiều vấn đề của sinh học được giải quyết thông qua kiến thức tin học.
TÀI LIỆU THAM KHẢO: 1) http://menvisinh.org/content/bacillus-subtilis 2) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12177353 3) http://ccb.bmi.ac.cn/srnatarbase/details.php?id=103 4) http://www.pnas.org/content/105/33/11927.full 5) http://bsubcyc.org/BSUB/NEW-IMAGE?type=GENERIC- RNA&object=RNA8J2-5 6) http://ccb.bmi.ac.cn/srnatarbase/details.php?id=392 7) http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-2958.2010.07158.x/full 8) http://www.sinhhocvietnam.com/forum/showthread.php?t=680 9) http://en.wikipedia.org/wiki/TmRNA#Discovery_of_tmRNA_and_early_wor k 10) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1935012/ 11) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1370762/ 12) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12177353 13) http://mic.sgmjournals.org/content/148/8/2591.long 14) http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1574-6968.2002.tb11023.x/full 15) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1251590/