GTCGGCATCT TTCTTATTCA GCATTTAGTC GTCAACCAGT TTGCCGCAAG GGGCGCTGAA GCATTCAATA GCGCTGCTCA TTTTATGGAT AGCCTGCCTT TCAGGTATGC CTTGGAAATT TTTATTATCT TCTTACCATT AATTTATCAT GCAGTTTATG GTGTGTACAT AGCGTTTACT GCGAAAAATA ACGCCGGTCA ATACAGCTAC ATGAGAAACT GGCTATTCGT CCTGCAGCGT GTAACCGGTA TCATCACCCT CATTTTCGTC AGCTGGCACG TGTGGGAAAC CCGCATTGCC GCACAAATGG GTGCTGAGGT CAATTTCGAC ATGATGGCGA ATATTTTGAG CTCTCCGGCT ATGCTTGGTT TTTACATTGT CGGTGTTTTA TCAACAATTT TCCACTTCTC GAACGGTTTA TGGTCTTTCG CTGTTACATG GGGCATCACG GTAACGCCTC GTTCTCAAAG AATTTCGACA TACGTTACGC TGATTATTTT TGTTGCACTG TCATACGTAG GCTTAAAAGC GATTTTTGCA TTTGTTTAA - Vị trí mục tiêu gắn vào: -23..28. - Vị trí sRNA gắn vào: 3..44. - Sự tương tác: - Target 5'-CUU-AUCAAACAG-GGGGUAAAGUAAUGUCUGGGAACAGAGAGUUUUAUUUUC-3' ||| ||| | || ||||| ||||||||||||| ||.|| - sRNA 3'-GAACUAGACUAUCUCCCCA---ACCCCUUGUCUCUCA-UCGAAGAG-5'
- Cơ chế: FsrA không thể mã hóa sản phẩm protein bởi vì nó thiếu codon bắt đầu. sRNA FsrA được điều hòa tăng mạnh mẽ (up-regulated) tại một chủng đột biến Fur và trong tế bào hoang dại thiếu sắt. Như dự đoán, Fur liên kết với vùng điều hòa FsrA với ái lực cao. Những kết quả này cho thấy FsrA là một sRNA điều hòa- Fur (Fur- nhân tố điều hòa hấp thu Fe (III)).
Hình 2.7: Thành phần phân tử của phản ứng iron-sparing. (A) - Tổ chức của các đơn vị phiên mã fbpAB FsrA và fbpC.
(B) - Phương pháp Northern phân tích các biểu hiện của FsrA trong các chủng khác nhau. rRNA 23S được sử dụng như internal loading control
(C) - Gắn Fur tinh sạch với vùng promoter của FsrA (0.1nM) được phát hiện bằng phương pháp điện di dịch chuyển di động (electrophoretic mobility shift assay).
(D) - Phát hiện FLAG đã đánh dấu FbpA, FbpB, and FbpC bằng phương pháp Western bot với kháng thể kháng FLAG.
(E) - Trình tự acid amin và pI tương ứng.
Người ta giả thuyết rằng, ba protein nhỏ hoạt động cùng với FsrA để ức chế trực tiếp các gen mục tiêu được chọn. Tuy nhiên, hình như ở đây FsrA có thể hoạt động tại một số mục tiêu độc lập của những protein này. Hơn nữa các các operon fbpAB và fbpCcungx có các chức năng độc lập với FsrA và đây có thể là do các peptide được mã hóa hoặc dịch mã RNA hoặc cả hai.
Chức năng:
+ FsrA và các protein FbpAB có thể có chức năng trong cùng một con đường xác định hàm lượng sắt và FbpC có tác động đối lập. FsrA rõ ràng đóng một vai trò quan trọng trong việc ưu tiên sử dụng sắt nhưng những ảnh hưởng của các protein FbpABC là phức tạp và khác nhau giữa các protein mục tiêu khác nhau.
+ FsrA ức chế biểu hiện của succinate dehydrogenase: Người ta đưa ra giả thiết rằng FsrA có thể hoạt động như RNA antisense cho một số hoặ tất cả các gen mục tiêu này. Thật vậy, người ta đã xác định được một số mục tiêu có thể cho FsrA bằng cách nghiên cứu trên hệ gen vi khuẩn Bacillus Subtilis, sử dụng mục tiêu RNA.
+ Trình tự bổ sung giữa FsrA và Sdhc cho phép dự đoán rằng FsrA sẽ giảm điều hòa dịch mã (down-regulated) của sdh.
+ FsrA Srna ức chế biểu hiện của Aconitase:
Tóm lại: sRNA FsrA có liên quan đến phản ứng iron-sparing. FsrA hoạt động để giảm điều hòa (down-regulated) tổng hợp nhiều enzyme chứa sắt và các con đường sinh tổng hợp tiêu tốn sắt. Như theo dõi proteomics, các hiệu ứng cũng phức tạp và FsrA xuất hiện như là effector quan trọng nhất cho nhiều mục tiêu của protein.
2.2.4.2. RatA:
RatA là thành phần trong hệ thống độc tố-kháng độc tố TxpA-RatA được phát hiện đầu tiên trong vi khuẩn Bacillus Subtilis. Hệ thống trên bao gồm sRNA 222nt không mã hóa được gọi là RatA và protein độc tên là TxpA. RatA được khám phá trong vùng intergenic của hệ gen Bacillus Subtilis, trong một vùng 728nt giữa các gen yqdB (sau này đổi tên thành TxpA) và yqbM. Ban đầu, Affymetrix microarrays được sử dụng để phát hiện phiên mã trong khu vực này. Sau đó phương pháp Northern blot và phân tích đột biến điểm được sử dụng để mô tả phiên mã RNA.
Hình 2.8: RNA RatA
Hình 2.9: Sơ đồ vùng RatA. Chức năng: chưa rõ.
2.2.4.3. sr1: