Cà chua thuộc chi Lycopersicon Tourn, họ cà (Solanaceae), Chi Lycopersicon Tourn được phân loại theo nhiều tác giả: Muller (1940), Daskalov và Popov (1941),
Luckwill (1943), Lehmann (1953), Brezhnev (1955, 1964), Zhucopski (1964). Ở
Mỹ thường dùng phân loại của Muller, ở Châu Âu, Liên Xô (cũ) thường dùng phân loại của Brezhnev. Với cách phân loại của Brezhnev (1964), chi Lycopersicon Tourn được phân làm 3 loài thuộc 2 chi phụ.
- Subgenus 1 - Eriopersicon. Chi phụ này gồm các loài dại, cây dạng một năm
hoặc nhiều năm, gồm các dạng quả có lông, màu trắng, xanh lá cây hay vàng nhạt,
có các vệt màu atoxian hay xanh thẫm. Hạt dầy không có lông, màu nâu… Chi phụ
này gồm 2 loài và các loài phụ.
1. Lycopersicon peruvianum Mill.
1a. L.peruvianum var.Cheesmanii Riloey và var.Cheesmanii f.minor
C.H.Mull (L. esc.var.miror Hook).
1b. L.peruvianum var.dentatum Dun. 2. Lycopersicon hirsutum Humb.et.Bonpl. 2a. L.hirsutum var.glabratum C.H.Mull. 2b. L.hirsutum var.glandulosum C.H.Mull.
Subgenus 2 – Eulycopersicon. Các cây dạng một năm, quả không có lông, màu
đỏ hoặc màu đỏ - vàng, hạt mỏng, rộng… chi phụ này gồm một số loài. 3. Lycopersiconesculentum Mill. Loài này bao gồm 3 loại phụ:
a. L.esculentum Mill.ssp.spontaneum Brezh – cà chua dại bao gồm 2 dạng
sau:
- L.esculentum var.pimpinellifolium Mill. (Brezh). - L.esculentum var.racemigenum (Lange) Brezh.
b. L.esculentum Mill.ssp.subspontaneum – cà chua bán hoang dại, gồm 5
dạng sau:
- L.esculentum var.cersiforme (A Gray) Brezh – cà chua anh đào.
- L.esculentum var.pyriforme (C.H.Mill) Brezh – cà chua dạng lê. - L.esculentum var.elongatum Brezh – cà chua dạng mận.
- L.esculentum var.elongatum Brezh – cà chua dạng quả dài.
- L.esculentum var.succenturiatum Brezh – cà chua dạng nhiều ô hạt.
c. L.esculentum var.Mill.ssp.cultum – cà chua trồng, có 3 dạng sau:
- L.esculentum var.vulgare Brezh.
- L.esculentum var.validum (Bailey) Brezh. - L.esculentum var.grandiflium (Bailey) Brezh.