Một vài loài nấm men có khả năng góp phần vào quá trình lên men malolactic, nhưng vai trò này đã bị phủ định bởi chức năng chính của nấm men là
chuyển hóa chất dinh dưỡng thành cồn. Cơ chế tương tác mang tính chất ức chế của nấm men đến vi khuẩn malolactic vẫn chưa được hiểu một cách rõ ràng. Tuy nhiên đã có nghiên cứu cho thấy rằng những ảnh hưởng của nấm men lên vi khuẩn là hạn chế sự phát triển và tồn tại do sản phẩm tạo ra hay sự cạnh tranh chất dinh dưỡng của nấm men. Những nghiên cứu của Lallemand ở phòng thí nghiệm cho biết nấm men tạo chất kháng khuẩn làm hạn chế sự phát triển của Leuconostoc oenos và các vi khuẩn lactic khác. Chất kháng khuẩn này là các sản phẩm trao đổi chất ngoại bào của nấm men như ethanol, SO2, các acid béo mạch trung bình và protein. Đó là các chất kháng khuẩn tự nhiên.
‒ Ethanol có khả năng ức chế các vi khuẩn nói chung kể cả vi khuẩn malolactic. Người ta thấy rằng đối với vi khuẩn malolactic, ethanol tác dụng mạnh mẽ lên sự sinh trưởng nhưng ít ảnh hưởng đến khả năng lên men malolactic của vi khuẩn này. Theo Capucho và San Romao (1994): ở nồng độ 4% (v/v), ethanol đã có thể ức chế sự sinh trưởng của vi khuẩn malolactic nhưng khả năng phân giải acid malic của vi khuẩn vày vẫn đạt được 95%.
‒ SO2 sinh ra từ nấm men cùng với SO2 được cho vào từ quá trình sulfite hóa dịch nho ban đầu là một trong những nguyên nhân chính dẫn đến sự ức chế vi khuẩn malolactic và kéo dài thời gian lên men. Người ta thấy rằng, hầu hết các chủng nấm men có khả năng tổng hợp được SO2 với hàm lượng lên đến 30mg/l, một số ít có thể sinh ra SO2 nhiều hơn, thậm chí hơn 100mg/l.
‒ Các acid béo mạch trung bình như acid decanoic, dodecanoic, hexanoic, octanoic… cũng có khả năng ức chế sinh trưởng và khả năng lên men malolactic vi khuẩn lactic, cụ thể: acid decanoic có khả năng ức chế cả nấm men lẫn vi khuẩn malolactic (Edwards và Beelman, 1987; Edwards và cộng sự, 1990; Lonvaud-Funel và cộng sự, 1988). Đối với hỗn hợp acid decanoic và dodecanoic, Capucho và San Ronao(1994) đã chứng minh rằng, hàm lượng thấp của các acid này (12,5mg/l decanoic và 2,5 mg/l dodecanoic) kích thích khả năng lên men malolactic của vi khuẩn nhưng ở hàm lượng cao hơn thì xảy ra theo chiều hướng ngược lại. Sự có mặt đồng thời của các acid hexanoic, octanoic và decanoic có thể gây tác động ức
chế đến sinh trưởng và lên men malolactic mạnh hơn so với khi chỉ tồn tại riêng lẻ từng loại acid béo (Lonvaud-Funel và cộng sự, 1988).
‒ Sự tạo thành các hợp chất có hoạt tính kháng khuẩn cũng đã được nghiên cứu. Theo nghiên cứu của Dick và cộng sự (1992), các hợp chất này có bản chất là protein tích điện âm. Tuy nhiên khả năng này cũng phụ thuộc vào từng chủng và có ít những nghiên cứu sâu về lĩnh vực này đối với các chủng nấm men khác nhau trong sản xuất rượu vang (H.Alexandre và cộng sự, 2004).
‒ Bên cạnh khả năng ức chế bởi các chất có hoạt tính sinh học và các chất kháng khuẩn tự nhiên, sự ức chế vi khuẩn malolactic bởi nấm men còn do sự cạn kiệt về nguồn chất dinh dưỡng. Các chất này được nấm men sử dụng trong giai đoạn sinh trưởng và lên men ethanol. Kết quả là sau khi kết thúc quá trình lên men ethanol và bắt đầu lên men malolactic, các chất sinh trưởng như amino acid, vitamin hầu như không còn đủ cho vi khuẩn malolactic phát triển.