Các công ty trách nhiệm hữu hạn trên địa bàn thành phố Thái Nguyên thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế. Theo phương pháp này số thuế mà doanh nghiệp phải nộp được xác định như sau:
Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGTđầu ra- Thuế GTGT đầu vào. Như vậy, muốn tắnh số thuế giá trị gia tăng phải nộp của đối tượng nộp thuế được chắnh xác phải xác định đúng số thuế giá trị gia tăng đầu ra và số thuế giá trị gia tăng đầu vào, mà để xác định được các yếu tố này thì phải kiểm soát được giá tắnh thuế và thuế suất áp dụng cho từng loại hàng hóa,dịch vụ cụ thể. Cơ sở để xác định các yếu tố trên phải dựa vào hóa đơn chứng từ và sổ sách kế toán của đơn vị.Thực chất vấn đề cốt yếu trong công tác quản lý căn cứ tắnh thuế hay doanh thu tắnh thuế chắnh là việc quản lý hóa đơn chứng từ, vì muốn muốn thực hiện luật thuế giá trị gia tăng phải thực hiện tốt chế độ sổ sách kế toán hóa đơn chứng từ và chỉ khi thực hiện tốt công việc đó mới được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế và được tắnh các khoản chi phắ hợp
lý khi xác định thu nhập chịu thuế nên các doanh nghiệp đã tự giác chấp hành. Tắnh đến cuối quý I năm 2011, trên địa bàn thành phố có 100% công ty đã sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng,trong đó có 6 công ty trách nhiệm hữu hạn sử dụng hóa đơn tự in,số còn lại sử dụng hóa đơn do Bộ tài chắnh phát hành, có thể lý giải điều này là do trên địa bàn thành phố các công ty trách nhiệm hữu hạn phần lớn là có quy mô không lớn, điều kiện cơ sở vật chất chưa cao đủ điều kiện để tự in hóa đơn. Điều này cho thấy việc sử dụng hóa đơn chứng từ trong kinh doanh đã được coi trọng và buộc các công ty trên địa bàn phải thực hiện tốt.Theo quy định của tổng cục thuế, các doanh nghiệp kết thúc một năm phai báo cáo quyết toán số hóa đơn của mình với chi cục thuế Thái nguyên. Năm 2010, 100% các công ty trách nhiệm hữu hạn trên địa bàn thành phố đã thực hiện chế độ báo cáo này. Qua đó cán bộ thuế đã nắm bắt được tình hình sử dụng hóa đơn của các đơn vị.
Ưu điểm của công tác mua bán phải có hóa đơn chứng từ đã rõ nhưng trong thực tế việc áp dụng lại xảy ra nhiều tiêu cực làm thất thoát lượng tiền không nhỏ của ngân sác nhà nước.Vì hóa đơn giá trị gia tăng qua kê khai hoàn thuế sẽ chuyển thành tiền,có quy trình quản lý in ấn đơn giản hơn rất nhiều so với tiền giấy do ngân hàng nhà nước Việt Nam phát hành, lại không giới hạn về mệnh giá, không hạn chế về giá bán và số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn. Đó chắnh là nguyên nhân dẫn đến việc sử dụng hóa đơn bất hợp pháp của nhiều công ty để gian lận thuế, đặc biệt là để kê khai hoàn thuế, rút tiền của nhà nước.
Mặc dù đã có rất nhiều cố gắng trong công tác quản lý hóa đơn chứng từ trên thực tiễn và trên góc độ chắnh sách, chế độ và đã đạt được nhiều những bước tiến vượt bậc.Tuy nhiên vẫn còn vướng mắc phát sinh cần giải quyết như:
Thứ nhất: Hiện tượng sử dụng hóa đơn giả nhằm hợp thức hóa số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ.Tình trạng vi phạm chế độ quản lý sử dụng hóa đơn còn xảy ra.Trên địa bàn thành phố Thái Nguyên vừa phát hiện
ra công ty trách nhiệm hữu hạn Quang Nam vi phạm chế độ sử dụng hóa đơn chứng từ (ghi số liệu trên hóa đơn liên 1 khác liên 2) bị xử phạt 500.000 đồng. Thứ hai: Lập hóa đơn khống thông đồng với đơn vị xuất khẩu để khai hoàn thuế giá trị gia tăng. Vì hoạt động xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% nên một số công ty lợi dụng việc đó đã kê khai khống số lượng hàng hóa (nông, lâm, thủy sản,...) thu gom của người sản xuất trực tiếp không có hóa đơn, chỉ có bảng kê để được hoàn thuế và thường sau khi kiểm tra cơ quan thuế mới phát hiện ra được.
Thứ ba: Một số công ty có ghi chênh lệch giữa các liên của hóa đơn, giữa liên của hóa đơn giao cho khách hàng và liên lưu, thông thường chủ hàng sẽ cấu kết với bên mua hàng để ghi tăng doanh số trong hóa đơn giao cho khách hàng và ghi giảm doanh số trong liên lưu tại công ty. Khi việc mua bán hàng hóa được diễn ra nhiều lần, phức tạp với nhiều khách hàng thì các công ty thường lợi dụng sự kiểm tra không chặt chẽ của các cán bộ thuế để trốn trách nghĩa vụ thuế của mình.Vắ dụ như: Trường hợp công trách nhiệm hữu hạn thương mại Hoa Liên, công ty trách nhiệm hữu hạn Hoàng Hà, cơ quan thuế đã phát hiện và truy thu số thuế là 1.667.235 đồng.
Thứ tư: Một số công ty có bán hàng hóa dịch vụ nhưng không xuất hóa đơn GTGT, mặc dù Luật thuế GTGT có quy định khi bán hàng hóa dịch vụ phải xuất hóa đơn, đây là trường hợp xảy ra khá phổ biến đối với các công ty trách nhiệm hữu hạn khi bán hàng hóa cho người tiêu dùng trực tiếp hoặc với cơ sở bán lẻ.
Thứ năm: Một số công ty kê khai hóa đơn đầu vào không đúng.thường là kê khai số hóa đơn đầu vào không hợp pháp, khấu trừ thuế GTGTđầu vào nhưng không có hóa đơn, trong năm 2010, Chi cục đã kiểm tra và phát hiện ra 2 trường hợp khấu trừ sai thuế đầu vào đó là công ty trách nhiệm hữu hạn Đức Trắ; công ty trách nhiệm hữu hạn xây dựng Tân Nghĩa với số tiền thuế là: 1 500.000 đồng.
Thứ sáu: Đầu năm 2011,theo quy định của Bộ tài chắnh thì không chỉ riêng ở Thái Nguyên mà trên toàn quốc các doanh nghiệp đã bắt đầu sử dụng hóa đơn tự in, hóa đơn đặt in và dần hướng tới sử dụng hóa đơn điện tử.Với các công ty trách nhiệm hữu hạn ở thành phố Thái Nguyên quy mô không lớn, điều kiện cở sở vật chất chưa cao chưa đủ điều kiện để mua máy móc với giá cả cực cao để thực hiện việc tự in ấn hơn nữa còn thiếu nhà in và quan trọng nhất là thực tế việc sử dụng hóa đơn tự in là rất mạo hiểm, vì doanh nghiệp tự phát hành hóa đơn nghĩa là phải tự nộp thuế trên hóa đơn đó, nhưng khi hóa đơn bị làm giả thì các công ty sẽ thế nào, trách nhiệm sẽ thuộc về ai ngoài công ty, chắnh những điều này làm cho việc áp dụng hóa đơn tự in gặp rất nhiều hạn chế, điều này lý giải vì sao mà trên địa bàn lại ắt công ty sử dụng loại hóa đơn này. Hầu hết các công ty sử dụng hóa đơn do Bộ tài chắnh phát hành, tuy nhiên Bộ tài chắnh lại có thông báo rằng, đến cuối tháng 3/2011 sẽ ngừng phát hành hóa đơn và không áp dụng sử dụng hóa đơn tự in trên toàn quốc, làm cho các doanh nghiệp ồ ạt đi mua hóa đơn, do vậy các cơ quan thuế không có đủ hóa đơn mà bán, lượng người đến chầu chực hết ngày này đến ngày khác để mua bằng được là rất đông. Đây là vấn đề khiến cho các nhà lãnh đạo phải suy nghĩ rất nhiều để tìm ra hướng giải quyết.
Trên đây chỉ là một vài vấn đề nổi bật còn tồn tại trong quá trình quản lý sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng. Có thể nói đó là nguyên nhân gây thất thu cho ngân sách nhà nước nhiều tỷ đồng cần được ngăn chặn kịp thời. Nhiệm vụ đó không chỉ riêng ngành thuế Thái Nguyên mà cần có sự phối kết hợp đồng bộ giữa nhiều ngành, nhiều cấp.