Theo quyết định số: 38/NH-TCCB ngày 23/ 06/ 1998 của thống đốc ngân hàng nhà nước Việt Nam (nay là thống đốc ngân hàng nhà nước Việt Nam), chi nhánh ngân hàng công thương Đồng Tháp ra đời trên cơ sở tách phòng tín dụng công thương trực thuộc NHNN tỉnh Đồng Tháp, sát nhập chi nhánh NHNN thị xã Sađec thành lập chi nhánh ngân hàng công thương Đồng Tháp đóng tại thị xã Sađec; đồng thời giải thể NHNN và quỹ tiết kiệm XHCN thị xã Cao Lãnh thành lập chi nhánh NHCT tại thị xã Cao Lãnh trực thuộc chi nhánh NHCT tỉnh Đồng Tháp.
Ngày 01/07/1998 chi nhánh NHCT tỉnh Đồng Tháp chính thức đi vào hoạt động. Mô hình tổ chức tại thời điểm này chi nhánh NHCT tỉnh phụ thuộc NHCT Việt Nam gồm có 5 phòng, ban: phòng tổ chức hành chính, phòng nghiệp vụ kinh doanh, phòng kế toán tài chính, tổ ngân quỹ, tổ kiểm soát.
Đến cuối năm 1993 thành lập thêm 3 phòng giao dịch: Phòng giao dịch số 1, số 2, trực thuộc chi nhánh NHCT tỉnh, và phòng giao dịch số 3 trực thuộc chi nhánh NHCT thị xã Sađec. Đến năm 1994 thành lập phòng giao dịch số 4 thuộc chi
nhánh NHCT tỉnh. Năm 2001 thành lập thêm phòng giao dịch số 5 trực thuộc chi nhánh NHCT tỉnh.
Hiện nay chi nhánh NHCT tỉnh Đồng Tháp, ngoài chi nhánh trung tâm tại thành phố Cao Lãnh còn 4 phòng giao dịch trực thuộc, chi nhánh NHCT Sađec kể từ ngày 15/07/2006 được nâng cấp thành chi nhánh cấp 1 phụ thuộc NHCT Việt Nam. Mô hình tổ chức chi nhánh NHCT tỉnh hiện nay có 9 phòng, tổ nghiệp vụ và 4 phòng giao dịch trực thuộc.
Chi nhánh Ngân hàng công thương Chi nhánh Đồng Tháp ra đời trong bối cảnh kinh tế - xã hội của tỉnh gặp rất nhiều khó khăn, thử thách, với đặc điểm là một tỉnh nông nghiệp thuộc vùng sâu, vùng xa, thiên tai lũ lụt thường xuyên xảy ra; lĩnh vực công nghiệp và thương mại kém phát triển, tỷ trọng chiếm khoảng 40% cơ cấu kinh tế của tỉnh. Trong những năm đầu hoạt động chi nhánh phải chịu sự cạnh tranh bùng phát của các tổ chức tín dụng và sự ra đời của hàng loạt các doanh nghiệp Nhà nước 4 cấp, nhất là cấp huyện, cấp xã. Vốn doanh nghiệp thấp, nên hầu hết các doanh nghiệp hoạt động bằng nguồn vốn vay của ngân hàng cùng với năng lực điều hành yếu kém, chưa nắm bắt những tác động của nền kinh tế thị trường nên trong những năm đầu thập niên 1990, các quỹ tín dụng đã đồng loạt vở nợ và trên 90% các doanh nghiệp nhà nước thua lỗ phải tiến hành giải quyết theo quyết định 388/NĐ-CP nhưng hoạt động kinh doanh vẫn kém phát triển, làm cho các ngân hàng, nhất là Chi nhánh Ngân hàng Công Thương Đồng Tháp phải gánh chịu hậu quả năng nề, nợ quá hạn có thời điểm lên đến trên 50% tổng dư nợ (năm 1990 là 56% trên tổng dư nợ, năm 1991 là 36%, năm 1993 là 26%), dẫn đến hoạt động kinh doanh của đơn vị trong 2 năm 1993 – 1994 không hiệu quả, đời sống của CB CNV gặp nhiều khó khăn, tưởng chừng khó có thể vượt qua.
Tuy nhiên, trước những khó khăn của từng giai đoạn, cùng với sự quan tâm và hổ trợ tích cực của các cấp, các ngành, của địa phương các cấp, nhất là sự quan tâm giúp đỡ cũng cố của Ngân hàng Công Thương Việt Nam; cộng với sự nỗ lực cao độ với tinh thần phấn đấu vươn lên của Ban lãnh đạo và toàn thể CB CNV Chi nhánh Ngân hàng Công Thương Đồng Tháp đã từng bước khắc phục hậu quả tồn tại, đồng thời đổi mới phương thức kinh doanh theo cơ chế thị trường với chủ trương: “mở rộng địa bàn, mở rộng đối tượng đầu tư, đầu tư tới
mọi thành phần kinh tế trên tất cả lĩnh vực sản xuất, kinh doanh dịch vụ, tiêu dùng, sinh hoạt, sửa chữa, và xây dựng nhà… Trước hết ưu tiên vốn cho các DNNN hoạt động kinh doanh hiệu quả, uy tín trong quan hệ tín dụng, bên cạnh đó xem đầu tư kinh tế hộ là trong điểm”. Mục tiêu đầu tư đã phù hợp với chủ trương phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh đề ra, theo hướng chuyển dịch cơ cấu kinh tế nhằm đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hoá nông nghiệp và phát triển nông thôn, khai thác tiềm năng lợi thế về đất đai, tài nguyên nước, lực lượng lao động, duy trì phát triển một số ngành nghề truyền thống, nâng cao hiệu quả sản xuất của các ngành, tạo bước chuyển dịch cơ cấu kinh tế theo hướng tăng tỷ trọng công nghiệp và dịch vụ, đầu tư phát triển kinh tế hạ tầng, kinh tế - xã hội, đẩy mạnh chuyển dịch cơ cấu trong sản xuất nông nghiệp của tỉnh theo hướng ổn định sản lượng, tăng sản lượng chất lượng cao để xuất khẩu, đa dạng hoá cây trồng, vật nuôi, phát triển chăn nuôi bò sữa, bò thịt xuất khẩu, thuỷ sản và gia cầm,…
Nhờ đề ra chủ trương kinh doanh đúng hướng nên kết quả hoạt động kinh doanh của Chi nhánh Ngân hàng Công Thương Đồng Tháp từ năm 1995 trở đi luôn đạt kết quả cao, năm sau cao hơn năm trước, niềm tin của khách hàng đối với Chi nhánh Ngân hàng Công Thương Đồng Tháp ngày càng được nâng lên, đặc biệt là từ năm 1996 tới nay Chi nhánh NHCT Đồng Tháp luôn được xếp đơn vị khá giỏi và xuất sắc của hệ thống Ngân hàng Công thương Việt Nam. Những thành tích đạt được của chi nhánh NHCT Đồng Tháp là đáng kể đã được Đảng và Nhà nước ghi nhận, tặng thưởng nhiều danh hiệu cao quý, trong đó Huân chương lao động hạng III do Chủ tịch nước CHXHCN Việt Nam tặng thưởng cho tập thể CB CNV chi nhánh trong sự nghiệp đổi mới (giai đoạn 1997 – 2001), Thủ tướng chính phủ tặng 1 bằng khen, 01 cờ thi đua, Thống đốc ngân NHNN tặng 06 Bằng khen, Chủ tịch UBND tỉnh tặng 12 bằng khen về thành tích hoạt động kinh doanh xuất sắc.