thực thi chủ quyền trên Biển Đông, trong đó có hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Đội Hoàng Sa đã hoạt động kể từ chúa Nguyễn Phúc Lan hay Nguyễn Phúc Tần đến hết thời kỳ chúa Nguyễn, cả thảy 7 đời chúa, gần một thế kỷ rưỡi. Tiếp nối thời các chúa Nguyễn, dưới thời Tây Sơn, việc bảo vệ và khai thác các vùng đảo, quần đảo xa bờ vẫn được tiến hành thường xuyên. Điều này được thể hiện trong lá đơn của Hà Liễu - Cai hợp phường Cù Lao Ré, xã An Vĩnh, huyện Bình Sơn, phủ Hòa Nghĩa (tức Quảng Ngãi) - trình lên chính quyền Tây Sơn vào ngày 15 tháng Giêng niên hiệu Cảnh Hưng thứ 36 (1775) triều vua Lê Hiển Tông: "Bây giờ chúng tôi lập hai đội Hoàng Sa và Quế Hương như cũ gồm thêm dân ngoại tịch, được bao nhiêu xin làm sổ sách dâng nạp, vượt thuyền ra các cù lao ngoài biển tìm nhặt các vật hạng đồng, thiếc, hải ba, đồi mồi được bao nhiêu xin dâng nạp. Nếu như có truyền báo xảy chinh chiến, chúng tôi xin vững lòng ứng chiến với kẻ xâm phạm, xong việc rồi chúng tôi lại xin tờ sai ra tìm nhặt báu vật cùng thuế quan đem phụng nạp”1. Tờ đơn đã được chính quyền Tây Sơn xem xét, chuẩn cho và hiện vẫn còn lưu giữ tại nhà thờ họ Võ, phường An Vĩnh (nay là thôn Tây, xã Lý Vĩnh, huyện Lý Sơn, tỉnh Quảng Ngãi). Như vậy, sau 4 năm dựng cờ khởi nghĩa (1771) kiểm soát từ Quảng Ngãi tới Bình Thuận
(trên danh nghĩa vẫn thuộc triều Lê), chính quyền Tây Sơn đã khôi phục đội Hoàng Sa để khai thác nguồn tài nguyên phong phú và làm chủ hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Với truyền thống hoạt động hàng trăm năm, dân xã An Vĩnh, vốn tự lập về phương tiện tàu thuyền, lại quen việc, nên luôn luôn tham gia vào đội Hoàng Sa. Vì thế, cuối thời chúa Nguyễn ở xứ Đàng Trong (Nam Hà), khi quân Tây Sơn nổi dậy, kiểm soát được vùng đất Quảng Nghĩa, dân xã An Vĩnh vẫn tiếp tục hoạt động ở ngoài khơi xã của mình. Những ngư dân An Vĩnh được quân sự hóa trở thành những "hùng binh” Hoàng Sa chiến đấu để bảo vệ đảo, bảo vệ tài nguyên đất nước và bảo vệ tính mạng của chính mình.
Đội Hoàng Sa - lực lượng bán quân sự có tính chuyên nghiệp - được ấn định số lượng 70 suất và hoàn toàn chỉ chọn lấy người xã An Vĩnh, hàng năm cứ vào tháng 2 nhận giấy sai đi, mang đủ lương ăn 6 tháng, đi bằng 5 chiếc thuyền câu nhỏ ra Hoàng Sa, Trường Sa thu lượm hóa vật của các con tàu đắm, tìm kiếm hải vật và ở lại đấy đến kỳ tháng 8 thì về, vào thành Phú Xuân để nộp.
Ngày 14 tháng 2 năm Thái Đức thứ 9 (1786) triều vua Nguyễn Nhạc, chính quyền Tây Sơn "Sai Hội Đức hầu - cai đội Hoàng Sa - luôn xem xét đốc suất trong đội cắm biển hiệu thủy quân, cưỡi 4 thuyền câu vượt biển thẳng đến Hoàng Sa cùng các xứ cù lao ngoài biển, tìm nhặt đồ vàng, bạc, đồng, và các thứ đại bác, tiểu bác, đồi mồi, vỏ hải ba, cá quý... đều chở về kinh, tập trung nộp theo lệ”. Đây là bản Chỉ thị của Thái phó Tổng lý Quân binh dân chư vụ Thượng tướng công, cũng được lưu giữ tại nhà thờ họ Võ.
Ngoài ra còn có bản Ngự phê của vua Thái Đức - Nguyễn Nhạc cho lời tâu của xã An Vĩnh về việc dâng nộp các loại đồi mồi, hải ba, quế hương và xin miễn sưu dịch đã được Thánh chỉ ban thưởng vàng và phê "Chuẩn cho”.
Trong một chuyến du hành đến nước ta vào năm 1793 (lúc đó đang dưới triều vua Quang Toản), John Barrow, phái viên của phái bộ Macartney, trong A voyage to Cochinchina, in the years 1792-1793 (Một chuyến du hành tới xứ Đàng Trong, vào những năm 1792-1793) đã xác nhận việc khai thác hải sản tại quần đảo Hoàng Sa của chính quyền Tây Sơn: "Những tàu thuyền này được dùng trong công việc buôn bán ở vùng duyên hải và đánh cá. Và những tàu thuyền thu lượm giống Trepan (hải sâm) và những tổ chim yến trong quần đảo có tên là Paracels (Hoàng Sa) thuộc nhiều loại mô tả khác nhau”.
Những tư liệu nêu trên là những chứng cứ xác nhận sự phong phú, liên tục trong hoạt động khai thác và bảo vệ chủ quyền trên các quần đảo ngoài Biển Đông dưới thời Tây Sơn. Các chủ trương của Nhà nước đã được chính quyền và nhân dân địa phương thực hiện một cách đầy đủ, nghiêm chỉnh.
Một nét mới dưới thời Tây Sơn, vua Quang Trung và Quang Toản còn chiêu nạp một số người Hoa bị nhà Thanh truy đuổi phải phiêu bạt trên Biển Đông gọi là "Tàu ô” (qua Chiếu dụ Tàu Ô của vua Quang Trung), phong cho làm Đông Hải vương hoặc Tổng binh và cấp cho ấn như Trần Thiên Bảo, Mạc Quan Phù, Lương Văn Canh, Phan Văn Tài, để họ cai quản, bảo vệ an ninh vùng Biển Đông cho nhà Tây Sơn nhằm theo dõi tình hình nhằm
chống lại nhà Thanh, quân của Nguyễn Ánh và hải tặc. Đây là một chính sách quan trọng và có hiệu quả cao của nhà Tây Sơn. Lực lượng này cùng với các đội Hoàng Sa, Bắc Hải, Thanh Châu, Hải Môn... đã thực hiện tốt nhiệm vụ thực thi chủ quyền biển đảo của vương triều Tây Sơn: "luôn du thám ngoài biển, nếu thấy bọn ác phỉ trên tàu ngoài biển thì trình báo, những việc đó coi là bổn phận giữ gìn ngoài biển” (Theo tài liệu Lý lịch di tích mộ và đền thờ Võ Văn Khiết do TS Đoàn Ngọc Khôi thực hiện năm 2006).
Trong sách Thánh Vũ ký, Ngụy Nguyên (1794-1857) mô tả: Thuyền của Tây Sơn cao, to hơn thuyền của nhà Thanh, trên đặt nhiều súng, hoành hành lâu năm trên mặt biển và nếu quân Thanh gặp thì cũng khó có thể địch được. Đây là một bằng chứng góp phần khẳng định lực lượng thủy quân Tây Sơn trong thực tế đã kiểm soát được các tuyến giao thông trên biển và là chủ nhân của các quần đảo trên Biển Đông, trong đó có hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa.