Bên cạnh những thành công xứng đáng được ghi nhận, Chi nhánh không khỏi còn những tồn tại, hạn chế cần phải khắc phục như sau:
Tổng doanh số xuất nhập khẩu của Chi nhánh tuy thấy rõ sự tăng trưởng qua các năm nhưng mức tăng trưởng vẫn chưa tương xứng với tiềm năng phát triển của chi nhánh. Doanh số thanh toán xuất khẩu không ổn định và chênh lệch quá nhiều so với doanh số thanh toán nhập khẩu. Giảm đột
nghìn USD, doanh số thanh toán xuất khẩu lại bất ngờ tăng đến 29.751 nghìnUSD vào năm 2011. Điều này phần nào do tình trạng nhập siêu của đất nước nhưng chi nhánh cũng cần phải xem lại hoạt động hỗ trợ xuất khẩu của mình.
Các dịch vụ thanh toán quốc tế theo phương thức tín dụng chứng từ ngày càng đa dạng nhưng vẫn chưa đáp ứng được với nhu cầu của khách hàng như vẫn chưa có dịch vụ thư tín dụng tuần hoàn hay thư tín dụng có điều khoản đỏ. Điều này có thể do trình độ của cán bộ chưa đồng đều cũng như còn nhiều hạn chế nên chưa mạnh dạn đầu tư để triển khai sản phẩm mới.
Trình độ công nghệ của Chi nhánh cũng còn khá nhiều hạn chế, chúng còn thiếu sự liên kết và chưa đồng bộ, tuy đã đầu tư, sử dụng các công nghệ ngân hàng hiện đại so với trong nước nhưng so với quốc tế vẫn còn nhiều cách biệt, mà nghiệp vụ thanh toán quốc tế bắt buộc ngân hàng phải làm việc với các đối tác là ngân hàng nước ngoài, điều này không khỏi gây ra nhiều bất cấp trong quá trình thanh toán.
NHNo & PTNT Việt Nam tuy nhận thức được tầm quan trọng của quy trình quản trị rủi ro cũng như các biện pháp phòng ngừa và hạn chế rủi ro. Ngân hàng đã thành lập bộ phận QLRR trong bộ máy điều hành và làm việc của mình nhưng vẫn chưa kịp thời áp dụng các mô hình quản trị rủi ro như mô hình QLRR tập trung, mô hình QLRR phân tán, chưa thành lập Ủy ban QLRR. Cũng như chưa đầu tư các công nghệ hiện đại trong việc quản lý ngân hàng cũng như hoạt động thanh toán quốc tế. Trong khi các ngân hàng thương mại trong nước khác đã đầu tư rất manh để trang bị cho ngân hàng họ những công nghệ quản lý và thanh toán hiện đại. Như Ngân hàng TMCP Quân đội (MB), vào ngày 8/7/2010 đã tổ chức lễ ký kết dự án “Xây dựng trung tâm dữ liệu (DC) – Trung tâm dự phòng (DR)” với hai nhà cung cấp là Công ty IBM Việt Nam và Công ty Hitachi, và trở thành một trong những Ngân hàng TMCP có tổng chi phí đầu tư cho CNTT lớn nhất hiện nay. Khi đầu tư những công nghệ hiện đại như vậy MB Bank có cơ hội triển khai các dịch vụ
tiện ích trong tương lai cũng như đảm bảo quản trị được những rủi ro tác nghiệp do quy trình thanh toán.
Do công tác quản trị rủi ro chưa được thực hiện thành công và hiệu quả, điều này đã gây ra nhiều thiệt hại cho hoạt động kinh doanh của Chi nhánh. Vào năm 2011, tỉ lệ nợ xấu ở mức 7,1%, vượt quá mức cho phép là trên 5%, điều này đã mang lại rất nhiều bất lợi cho Chi nhánh. Theo báo cáo tổng kết hoạt động kinh doanh năm 2011, tổng số trích lập dự phòng rủi ro của Chi nhánh là 67 tỷ đồng, và đã trích 38,4 tỷ đồng để xử lý rủi ro, số tiền này đã chiếm hơn 50% tổng số trích lập dự phòng rủi ro. Điều này làm giảm lợi nhuận của Chi nhánh, đời sống cán bộ công nhân viên cũng bị ảnh hưởng theo, ngoài ra còn làm giảm uy tín của Chi nhánh, đây mới thực sự là tổn thất lớn nhất.
Nhận thức của cán bộ chi nhánh trong công tác phòng ngừa và hạn chế rủi ro chưa được rõ ràng. Trong các quy định về QLRR cũng chưa nêu cụ thể về hình thức xử phạt những vi phạm, dễ dẫn đến những hành động vô tình hay chủ ý gây thiệt hại cho chi nhánh.