Cỏc bit MUXn và REFS1:0 trong thanh ghi ADMUX cho phộp CPU truy nhập ngẫu nhiờn thụng qua một thanh ghi tạm thời, điều này đảm bảo việc chọn cỏc kờnh và tham chiếu được thực hiện tại một thời điểm an toàn trong suốt quỏ trỡnh chuyển đổi ADC. Kờnh và tham chiếu được cập nhật liờn tục cho tới khi một quỏ trỡnh chuyển đổi bắt đầu. Khi quỏ trỡnh chuyển đổi bắt đầu, chọn kờnh và tham chiếu bị khúa để đảm bảo thời gian lấy mẫu cho ADC. Và quỏ trỡnh chuyển đổi chỉ bắt đầu khi ADSC được ghi vỡ vậy chỉ nờn ghi kờnh và tham chiếu mới vào ADMUX sau khi ghi ADSC một chu kỳ đồng hồ.
Nếu sử dụng chế độ tự động khởi tạo, thời gian khởi tạo chớnh xỏc cú thể khụng xỏc định, vỡ vậy cần chỳ ý khi cập nhật thanh ghi ADMUX để quỏ trỡnh chuyển đổi khụng bị ảnh hưởng bởi thiết lập mới.
Nếu cả bit ADATE và ADEN đều được ghi mức "1", ngắt cú thể xuất hiện bất kỳ lỳc nào. Nếu ADMUX bị thay đổi trong thời gian này, ta sẽ khụng thể điều khiển được quỏ trỡnh nếu quỏ trỡnh mới dựa trờn quỏ trỡnh trước hoặc cỏc thiết lập mới. ADMUX cú thể được cập nhật theo cỏc cỏch sau:
1. Khi ADATE hoặc ADEN bị xúa
2. Trong quỏ trỡnh chuyển đổi, tối thiểu một chu kỳ xung sau khi được khởi tạo
3. Sau một quỏ trỡnh chuyển đổi, trước khi cờ ngắt sử dụng để khởi tạo được xúa.
Khi ADMUX được cập nhật với một trong cỏc điều kiện trờn, cỏc thiết lập mới sẽ tỏc động lờn quỏ trỡnh chuyển đổi AD mới.
Khi thay đổi lựa chọn kờnh vào, để đảm bảo đỳng kờnh được lựa chọn cần chỳ ý tuõn theo yờu cầu sau: Trong cỏc chế độ chuyển đổi, luụn chọn kờnh trước khi bắt đầu quỏ trỡnh chuyển đổi. Kờnh được chọn cú thể được đổi sau 1 chu kỳ xung sau khi ghi "1" vào ADSC. Tuy nhiờn, đơn giản nhất vẫn là đợi cho quỏ trỡnh chuyển đổi hoàn thành trước khi thay đổi lựa chọn kờnh.
Điện ỏp tham chiếu cho ADC (VREF) tạo ra dải chuyển đổi cho ADC. Kờnh đơn vượt quỏ VREF khi chuyển đổi sẽ cho kết quả dạng mó đúng là 0x3FF. VREF cú thể lựa chọn là AVCC, điện ỏp tham chiếu trong 2,56V hoặc điện ỏp bờn ngoài đưa vào chõn AREF. Điện ỏp AVCC được nối với ADC qua một chuyển mạch thụ động, điện ỏp tham chiếu 2,56V được tạo ra từ dải tham chiếu trong (VBG) thụng qua một mạch khuếch đại trong, điện ỏp AREF được đấu trực tiếp tới ADC. Để triệt nhiễu trong điện ỏp AREF, ta cú thể nối thờm tụ giữa chõn AREF với đất.