Cách thức đơn giản và phổ biến nhất là lưu trữ các ảnh tile trong những file riêng biệt trên hệ thống. Chúng ta có thể sử dụng các thư mục để tổ chức tạo nên cấu trúc cho tập ảnh tile.
Hình 2.6: Cách tổ chức các file ảnh tile
Như ví dụ trên, layer được chọn là thư mục cha, các thư mục con của nó là các mức. Mỗi mức sẽ chứa một danh sách các thư mục là các hàng. Với cách tổ chức như vậy, các tile được đánh địa chỉ và truy xuất một cách dễ dàng. Giả sử chúng ta muốn tạo ra một tile cho lớp “BlueMarble” ở mức 7, cột 5 và hàng 4. Lúc này địa chỉ của tile sẽ là “BlueMarble/7/5/4”. Các tile không cần được đánh index, chỉ cần dựa vào mức, cột , hàng là dễ dàng tìm ra. Ngoài ra còn một lợi ích nữa khi sử dụng cách tổ chức theo cấu trúc thư mục là có thể thay thế các phiên bản mới mà không làm ảnh hưởng tới các phần khác của hệ thống. Việc xây dựng các máy chủ có dữ liệu được tổ chức theo các thư mục cũng dễ dàng hơn. Tất cả các máy chủ HTTP, bao gồm cả Apache, có thể truy vấn trực tiếp các file thông qua đường dẫn, ví dụ: http://www.sometileserver.com/BlueMarble/7/5/4.jpg
Tuy nhiên, có một vài điểm bất lợi khi sử dụng cách tổ chức theo thư mục. Do chỉ cần biết đường dẫn của tile là có thể truy xuất tới nó nên có thể dễ dàng thao tác thêm , sửa, xoá…
Trong thực tế, hệ thống tập tin là một trong những phần phức tạp nhất của hệ điều hành. Mỗi tập tin được tạo ra sẽ được lưu trên ổ đĩa cứng và được ánh xạ vào một địa chỉ. Khi đọc và ghi các tập tin, bộ nhớ cache sẽ lưu lại thông tin. Tuy nhiên, với số lượng truy cập rất lớn, nó sẽ không lưu lại đầy đủ các thông tin cần thiết do vậy truy cập các tập tin sẽ mất nhiều thời gian hơn. Cách lưu trữ này chỉ phù hợp với tập ảnh tile nhỏ. Với tập ảnh tile kích thước lớn, phương pháp này trở nên kém hiệu quả.
Ngoài ra, một vài hệ thống file không đánh chỉ mục bằng tên. Tập tin được tìm kiếm tuyến tính trong một thư mục nhất định. Đây là vấn đềđối với cấu trúc được đưa ra khi số lượng các tập tin trong thư mục là rất lớn.
Thông thường, cách tổ chức tập tin theo thư mục có thể không hiệu quả và tốn tài nguyên của máy tính. Tuy nhiên có một số trường hợp đây lại là phương thức hiệu quả để áp dụng: tập ảnh tile có số lượng nhỏ (một vài nghìn hình ảnh tile) hoặc các thuộc tính sẵn có của hệ thống thực sự cần thiết. Ví dụ, nhà phát triển cần thực thi đầy đủ các quyền trên các ảnh tile trong khi các tile được cập nhật thường xuyên và các ảnh tile cũ bị loại bỏ, cách tiếp cận này sẽ hữu ích.