+ Không thể lưu lại địa chỉ trang web (bookmark) chứa nội dung nào đó
được tải bằng công nghệ Ajax. Bản chất sử dụng một lớp trung gian để giao dịch khiến cho các ứng dụng web không có một địa chỉ nhất định cho từng nội dung (đây cũng là vấn đề gặp phải khi sử dụng Frame trong thiết kế web). Một ví dụ rõ ràng nhất là không thể nhấn nút "BACK" của trình duyệt để quay lại nội dung trước đó trong Gmail.
+ Tương thích: Ajax chỉ hoạt động nếu trình duyệt hỗ trợ đối tượng XMLHttpRequest. Đây là vấn đề mà Gmail gặp phải đối với trình duyệt Opera trước khi Opera 8 ra đời. Tuy nhiên, đến thời điểm hiện tại thì các trình duyệt phổ biến nhất đều hỗ trợ XMLHttpRequest (Firefox, Internet Explorer, Opera 8, Sarafi). Cho dù vậy, thì cũng cần phải tính toán trường hợp mà trình duyệt không hỗ trợ XMLHttpRequest (ví dụ nếu người dùng sử dụng máy Palm,…)
+ Tương tác người dùng: Ajax giải quyết được một vấn đề tương tác người dùng của các ứng dụng web khá tốt, tuy nhiên việc thực hiện tác vụ quá
nhanh nên đôi khi người dùng không tin là nó đã được thực hiện. Để tránh được nhược điểm này, cần xây dựng cơ chế xác nhận các hành động đã diễn ra. Tuy nhiên việc lợi dụng việc xác nhận hành động diễn ra sẽ làm cho các ứng dụng web trở nên rườm rà, không hiệu quả thậm chí còn tạo ra sự khó chịu.
+ Vấn đề máy tìm kiếm: Cơ chế của các máy tìm kiếm hiện nay là lưu các thông tin của các trang web vào các Server. Mỗi một địa chỉ sẽ tương ứng với một trang web. Khi thực hiện tìm kiếm, máy tìm kiếm sẽ chỉ ra các trang có nội dung phù hợp. Với việc áp dụng công nghệ Ajax thì cùng một địa chỉ thì mỗi thời điểm trang web sẽ có những nội dung khác nhau. Vì vậy kết quả trả về của máy tìm kiếm sẽ không còn chính xác và cần phải có sự thay đổi để phù hợp với công nghệ mới.
+ Vấn đề khai phá thông tin trên Web: Tương tự vấn đề máy tìm kiếm, việc khai phá thông tin trên web được thực hiện dựa trên việc tổ chức nghiên cứu các trang web để đưa ra các kết luận. Tuy nhiên việc ứng dụng công nghệ Ajax làm cho các kết luận này không có những căn cứ xác đáng.