Thanh tra là một chức năng cực kỳ quan trọng trong cụng tỏc quản lý thuế. Chớnh vỡ thế, ngành thuế núi chung và Chi cục thuế quận Hai Bà Trƣng núi riờng đó rất chỳ trọng xõy dựng hệ thống thanh tra chuyờn trỏch; lực lƣợng thanh tra ngày càng đƣợc tăng cƣờng về cả chất lƣợng và số lƣợng.
Nhờ cỏc nỗ lực núi trờn, cụng tỏc thanh tra kiểm tra thuế đó đạt đƣợc những kết quả đỏng chỳ ý:
-Năm 2006 Chi cục đó tiến hành kiểm tra quyết toỏn thuế bƣớc 2 của 382 DN đạt 81,12 % kế hoạch quyết toỏn năm 2006; xử lý truy thu và phạt 20 tỷ 650 triệu đồng.
Giải quyết đơn thƣ khiếu nại theo đỳng quy định của Luật khiếu nại tố cỏo: trong năm 2006 đó giải quyết 9 đơn thƣ trong đú cú 01 đơn khiếu nại.
Phối hợp với cỏc cơ quan chức năng ban ngành xử lý 12 vụ trong đú cú 1 vụ dỏn tem hàng hịch vụ thu, 10 vụ truy thu và phạt số tiền hơn 3 tỷ đồng.
Tăng cƣờng phối hợp với lực lƣợng sảnh sỏt điều tra, thanh tra xử lý nhiều hành vi tội phạm và hành vi gian lận thuế. Trƣớc tiờn là ngăn chặn, đẩy lựi tỡnh trạng thành lập “doanh nghiệp ma” để kinh doanh húa đơn bất hợp phỏp, kờ khai khống một phần hoặc toàn bộ tiền hoàn thuế GTGT để chiếm
đoạt tiền thuế của NSNN. Gúp phần làm cho việc thực thi cỏc luật và chớnh sỏch thuế đạt kết quả tốt hơn.
Bờn cạnh mặt tớch cực nờu trờn, cụng tỏc thanh tra kiểm tra thuế cũn tồn tại và hạn chế cơ bản:
-Tỡnh trạng gian lận về thuế cũn khỏ phổ biến ở nhiều khoản thu, sắc thuế nhƣng chƣa đƣợc phỏt hiện, truy thu kịp thời cho NSNN. Vỡ vậy, vừa làm thất thu NSNN vừa chƣa thật sự bảo đảm cụng bằng xó hội và tớnh nghiờm minh về phỏp luật thuế.
-Cơ quan thuế chƣa đƣợc giao chức năng khởi tố, điều tra cỏc vụ vi phạm phỏp luật về thuế mà đều phải chuyển cơ quan cụng an.
-Cụng việc thanh tra hoàn toàn bằng thủ cụng, khụng tập trung vào cỏc khõu gian lận; khụng ứng dụng tin học vào cụng tỏc thanh tra thuế, do đú cỏc cuộc thanh tra thƣờng kộo dài và kết quả rất hạn chế.
-Phƣơng phỏp kiểm tra cũn nhằm vào tất cả cỏc ĐTNT, khụng dựa trờn cơ sở đỏnh giỏ mức đọ vi phạm, mức độ gian lận của ĐTNT để lập kế hoạch và tổ chức kiểm tra đỳng đối tƣợng kiểm tra ngay từ đầu. Vỡ thế nhiều ĐTNT khụng cú hành vi gian lận cũng tổ chức kiểm tra vừa gõy phiền hà cho cỏc ĐTNT, vừa lóng phớ nguồn nhõn lực, tốn kộm cho cơ quan thuế.
-Trỡnh độ cỏn bộ thanh tra thuế cũn hạn chế, 63% là trỡnh độ trung học, trỡnh độ tin học và ngoại ngữ rất hạn chế. Cơ sở vật chất phục vụ cụng tỏc thanh tra cũn chƣa đồng bộ.