Là một Viện nghiên cứu khoa học, ngay từ khi mới thành lập Viện đã luôn coi trọng công tác tổ chức nghiên cứu khoa học gắn liền với tổng kết thực tiễn nhằm tạo luận cứ khoa học, thực tiễn cho việc xây dựng các đề án quản lý kinh tế tham mưu với Đảng và Nhà nước. Ngay từ những năm đầu hoạt động. Nhà nước chưa tổ chức nghiên cứu khoa học theo các chương trình và đề tài như hiện nay, Viện đã tự đề ra các đề án nghiên cứu khoa học để làm tốt chức năng tham mưu trên cơ sở phát huy năng lực nghiên cứu của đội ngũ cán bộ của Viện và các cộng tác viên nghiên cứu bên ngoài. Thời kỳ đầu Viện đã tập trung nghiên cứu
đề án “thực hiện một sự chuyển biến sâu sắc trong tổ chức và quản lý kinh tế”. Tiếp đó vào cuối năm 1987 Viện đã tập trung lực lượng nghiên cứu đề án “Đổi mới quản lý nền kinh tế quốc dân” để làm cơ sở cho việc cụ thể hoá đường lối đổi mới của Đảng được xác định tại Đại hội Đảng lần thứ VI. Đề án bao gồm 9 chuyên ngành có liên quan đến hầu hết các khía cạnh, lĩnh vực của hệ thống quản lý kinh tế.
Trong mấy thập kỷ gần đây, lý luận quản lý kinh tế phát triển mạnh, các học thuyết kinh tế nở rộ, đề cập nhiều vấn đề của kinh tế học các nước đang phát triển, các nước trong quá trình chuyển đổi. Gần đây, khủng hoảng kinh tế thế giới đã đề ra những vấn đề mới, rất cấp bách cho kinh tế học và các chính sách kinh tế. Từ tình hình đó Viện đã dành thời gian để tâm nghiên cứu các học thuyết kinh tế trong đó có học thuyết kinh tế hiện đại, các trường phái quản lý, các xu hướng chuyển đổi kinh tế ở các nước xã hội chủ nghĩa. Viện đã tổ chức nhiều cuộc báo cáo khoa học, hội thảo để trao đổi kết quả nghiên cứu. Viện cũng đã tổ chức nhiều buồi thuyết trình lý thuyết về khoa học quản lý, mối quan hệ giữa quản lý kinh tế với quản lý xã hội để giúp Viện có thêm kiến thức, thông tin phục vụ nghiên cứu hoạch định chính sách.
Từ khi việc nghiên cứu khoa học được Nhà nước thống nhất tổ chức và đánh giá, các hoạt động nghiên cứu của Viện được triển khai thông qua các chương trình cấp Nhà nước, đề tài cấp Nhà nước, đề tài cấp bộ, đề tài cấp cơ sở. Kết quả hoạt động nghiên cứu khoa học được thể hiện rõ ràng hơn và được đánh giá theo quy chuẩn của Nhà nước, cụ thể như sau:
* Thực hiện chương trình, đề tài nghiên cứu cấp Nhà nước.
- Giai đoạn 1986-1990, Viện nghiên cứu quản lý kinh tế TW được giao chủ trì nghiên cứu một chương trình trọng điểm cấp Nhà nước đó là chương trình “Nghiên cứu những vấn đề chủ yếu trong hệ thống quản lý kinh tế ở Việt Nam”, mã số 98A. Chương trình 98A gồm một hệ thống 24 đề tài khác nhau, Viện trực tiếp là chủ nhiệm chương trình và thực hiện nghiên cứu 8 đề tài thuộc các lĩnh vực quản lý tiền tệ và tín dụng, sắp xếp lại sản xuất và đổi mới quản lý công nghiệp, nông – lâm – ngư nghiệp, xây dựng cơ bản, giao thông vận tải, thương nghiệp và dịch vụ, đào tạo cán bộ quản lý và vận dụng điều khiển học và tin học trong nghiên cứu mô mình hoá cơ chế kinh tế, phân tích và thiết kế bảo đảm tổ chức thông tin trong quản lý kinh tế và xí nghiệp công nghiệp.
(1) Đề tài 83-98-041 về dự báo phát triển công nghiệp; (2) Đề tài 83-98-042 nghiên cứu về tiêu hao vật chất; (3) Đề tài 83-98-043 về dự toán lao động;
(4) Đề tài 83-98-044 về dự báo phát triển nông-lâm-ngư nghiệp; (5) Đề tài 83-98-045 về dự báo phát triển giao thông vận tải;
(6) Đề tài KX08-03: Các chính sách, biện pháp hỗ trợ và khuyến khích phát triển kinh tế nông thôn.
(7) Đề tài KX 03-01: Về đánh giá những chuyển biến trong quản lý kinh tế Việt Nam từ Đại hội VI đến nay. Phương hướng tiếp tục đổi mới quản lý kinh tế trong thời gian tới. (8) Đề tài KX 03-22: Sử dụng mô hình kinh tế lượng trong việc phân tích chính sách và dự báo kinh tế vĩ mô;
(9) KHXH 03-03: Về lý luận, chính sách và giải pháp đổi mới phát triển kinh tế hợp tác;
(10) KHXH 02-06: Cơ sở khoa học để hình thành hệ thống đồng bộ các chính sách kinh tế vĩ mô của Nhà nước thúc đẩy công nghiệp hoá, hiện đại hoá;
(11) 01 đề tài cấp Nhà nước độc lập về đổi mới công tác kế hoạch hoá.
(12) Đề tài về “Cơ sở khoa học cho việc định hướng chính sách và các giải pháp nâng cao năng lực cạnh tranh của kinh tế Việt Nam trong quá trình hội nhập quốc tế”.
* Đề tài cấp bộ và cấp cơ sở.
Viện đã chủ trì nghiên cứu gần 100 đề tài cấp bộ về lý luận và phương pháp luận để xây dựng nền móng cho nghiên cứu lâu dài về các lĩnh vực khác nhau có tính đến yếu tố hội nhập kinh tế. Ngoài ra Viện còn tổ chức nghiên cứu nhiều đề tài cấp cơ sở, tạo điều kiện cho các cán bộ trẻ chủ trì thực hiện và qua đó từng bước nâng cao năng lực nghiên cứu. Nhìn chung các đề tài đã được nghiên cứu nghiêm túc, có chất lượng tốt. Các kiến nghị rút ra từ kết quả nghiên cứu được dùng làm cơ sở cho việc nghiên cứu soạn thảo nhiều dự thảo văn bản quy phạm pháp luật về quản lý kinh tế cụ thể. Kết quả nghiệm thu, đánh giá hầu hết các đề tài được đánh giá là loại khá và xuất sắc.
Đi liền với công tác nghiên cứu, Viện thường xuyên tổ chức các buổi sinh hoạt khoa học về các lĩnh vực kinh tế và quản lý kinh tế do các chuyên gia trong và ngoài nước trình bày,
tổ chức hàng trăm cuộc điều tra, khảo sát thực tiễn trong và ngoài nước. Ngoài ra, cán bộ của viện tích cực tham gia giảng dạy, báo cáo khoa học tại các trường, các cơ quan, các Viện nghiên cứu, các địa phương trong cả nước.
Đồng thời với việc tổ chức nghiên cứu khoa học, Viện còn tiến hành các hoạt động nghiên cứu tư vấn giúp một số ngành, địa phương, các đơn vị kinh tế cơ sở,... nghiên cứu xây dựng mô hình tổ chức sản xuất và quản lý mới trên địa bàn lãnh thổ và từng đơn vị, lập luận cứ khoa học cho việc hình thành các khu kinh tế mở.