Khâu quan trọng nhất của TMĐT là việc thanh toán, bởi vì mục tiêu cuối cùng của cuộc trao đổi thương mại là người mua nhận được những cái gì cần mua và người bán nhận được số tiền thanh toán. Thanh toán là một trong những vấn đề phức tạp nhất đối với các hoạt động thương mại điện tử. Hoạt động thương mại điện tử chỉ phát huy được tính ưu việt của nó khi giao dịch thương mại điện tử được thực hiện với đúng nghĩa của nó, tức là áp dụng được hình thức thanh toán điện tử (TTĐT).
Thanh toán điện tử là việc thanh toán tiền qua các thông điệp điện tử (Electronic message) thay cho việc thanh toán bằng tiền mặt. Về mục đích, TTĐT là hệ thống cho phép các bên tham gia có thể tiến hành mua bán được. Tuy nhiên, cách giao dịch thì lại hoàn toàn mới, người thực hiện giao dịch xử lý thanh toán bằng phương pháp thông qua các khâu được thực hiện trên máy tính. Bản chất của mô hình TTĐT cũng là mô phỏng lại những mô hình mua bán truyền thống, nhưng từ các thủ tục giao dịch, các thao tác xử lý dữ liệu, quá trình chuyển tiền… tất cả đều được thực hiện thông qua hệ thống máy tính, được nối bằng các giao thức riêng chuyên dụng.
Với TTĐT, các bên mua – bán có thể giao dịch với nhau, không phải gặp nhau, không cần dùng tiền mặt. Các bên trong hệ thống TTĐT sẽ trao đổi với nhau các chứng từ số hóa. Bên được thanh toán có thể thông qua ngân hàng của mình để chuyển tiền vào tài khoản của mình. Các quá trình này được phản ánh trong các giao thức thanh toán của hệ thống, đó là thứ tự các bước gửi thông tin và xử lý số liệu giữa các bên, mục đích là chuyển đầy đủ các chứng từ thanh toán, đảm bảo an toàn và công bằng cho mọi bên theo yêu cầu tường minh ban đầu.