Bên cạnh những kết quả đạt được, TMCPCTVN –chi nhánh Hà Nội còn một số khó khăn tồn tại cần khắc phục, đó là:
a. Nguồn vốn huy động của TMCPCTVN –chi nhánh Hà Nội tuy lớn nhưng cơ cấu chưa hợp lý, thiếu tính ổn định. Nguồn tiền gửi thanh toán của các TCKT chiếm tỷ trọng lớn nhưng luôn biến động, tiền gửi không kỳ hạn chiếm tỷ trọng cao.Nguồn tiền gửi dân cư tương đối ổn định nhưng cả năm không tăng còn có chiều hướng giảm xuống
b. Cơ cấu dư nợ cho vay đối với doanh nghiệp vừa và nhỏ, doanh nghiệp tư nhân, cho vay tiêu dùng… đã được dịch chuyển theo hướng tích cực, nhưng tốc độ còn chậm, tỷ trọng dư nợ còn thấp, vốn tín dụng vẫn còn tập trung vào một số khách hàng Tổng công ty nhà nước, tỷ trọng cho vay có đảm
c. Các sản phẩm dịch vụ mới triển khai chậm, thiếu đồng bộ, phạm vi sử dụng của khách hàng còn ít, uy tín sản phẩm không cao. Các dịch vụ đang khai thác chủ yếu vẫn là sản phẩm truyền thống, không có sự khác biệt trên thị trường.Tỷ trọng thu phí dịch vụ tuy có tăng song còn thấp so với tổng thu nhập, nguồn thu chủ yếu vẫn là khoản thu từ lãi điều hòa vốn và đầu tư và cho vay.
d. Chương trình hiện đại hóa ngân hàng chưa hoàn thiện và ổn định.Các sự cố kỹ thuật chưa được khắc phục kịp thời, nhiều lúc giao dịch bị gián đoạn kéo dài, khách hàng than phiền nhiều.
e. Trình độ, năng lực đa số cán bộ tuy đã được nâng lên song vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển.Số cán bộ có trình độ ngoại ngữ, giỏi vi tính còn ít, do đó khả năng tiếp cận khai thác chương trình công nghệ mới phục vụ khách hàng bị hạn chế. Công tác tiếp thị chưa có hiệu quả.