Bên cạnh những ưu điểm, tổ chức bộ máy KTNB đã bộc lộ một số hạn chế sau: Thứ nhất, mặc dù có cơ sở pháp lý khá rõ ràng về việc tổ chức bộ phận KTNB trong các DN nhưng thực tế tổ chức bộ máy KTNB trong các DN Việt Nam có tỷ lệ thấp. Trên thực tế, các văn bản pháp lý lại không quy định một cách rõ ràng hoặc lại không có xác định vị trí tổ chức cho bộ máy KTNB trong TCT. Do đó, trong các TCT có các DN đã tổ chức bộ máy KTNB rất khác nhau: Trong một số TCT, bộ phận KTNB được tổ chức thành một bộ phận chức năng độc lập trực thuộc tổng giám đốc; trong một số TCT khác KTNB lại được tổ chức thành một tổ hay một bộ phận (nhỏ) nằm trong ban kiểm soát hoặc phòng kế toán tài chính.
Thứ hai, ngoài mô hình tổ chức bộ phận KTNB trực thuộc tổng giám đốc, hai mô hình khác tổ KTNB (trong ban kiểm soát hoặc trong bộ phận kế toán) đã và đang đặt vấn đề về tính độc lập của bộ phận này trong quá trình thực hiện kiểm toán.
3 0
Thực trạng tổ chức bộ máy KTNB còn những tồn tại trên là do những nguyên nhân cơ bản sau:
Một là, yếu tố lịch sử về hoạt động kiểm tra, kiểm soát nói chung để lại Kiểm tra, kiểm soát nói chung và kiểm toán nói riêng là hoạt động mang tính chuyên nghiệp cao. Hoạt động này đòi hỏi phải tích lũy kinh nghiệm, nâng cao nhận thức,… Kinh nghiệm tổ chức kiểm toán ở nước ta còn quá ít nếu so với lịch sử phát triển hàng trăm năm của kiểm toán tại các quốc gia như Hoa Kỳ, Anh, Pháp,… Vì vậy, tổ chức bộ máy KTNB có những điểm chưa phù hợp, chưa đúng với bản chất và chức năng là điều dễ hiểu.
Hai là, hệ thống văn bản pháp lý về KTNB có nhiều điểm còn hạn chế.
Trong điều kiện hoạt động kiểm toán nói chung và KTNB nói riêng còn mới mẻ, các văn bản về KTNB do Bộ Tài Chính ban hành phải làm tăng tính hiệu lực trong thực thi, tạo ra định hướng phát triển cũng như là nền tảng cho phát triển loại hình kiểm toán này. Tuy nhiên, quy định trong những văn bản này chủ yếu mang tính chất hành chính, mang tính chất quản lý vĩ mô, chưa thực sự có hiệu lực pháp lý vì thế tính thực tiễn thấp.
Ba là, mô hình tổ chức KTNB trong quan hệ với các bộ phận khác trong TCT xây dựng chưa hợp lý dẫn tới những bất cập trong tổ chức, điều hành và thực hiện.
Vấn đề này thể hiện ở hai mô hình là KTNB được xem như một bộ phận trong ban kiểm soát và KTNB là một tổ hay một bộ phận nằm trong phòng Tài chính – kế toán. Như đã phân tích ở trên, ban kiểm soát thực hiện chức năng trợ giúp cho hội đồng quản trị trong kiểm soát toàn bộ các hoạt động và cả hệ thống kiểm soát của TCT. Vì vậy, bộ phận KTNB nằm trong ban kiểm soát có thể ảnh hưởng tới chức năng và tính độc lập của bộ phận này khi thực hiện kiểm toán. Bộ phận kế toán thực hiện chức năng xử lý và cung cấp thông tin đồng thời cũng thực hiện chức năng kiểm tra kế toán. Thông tin cung cấp cho các đối tượng sử dụng là các thông tin tài chính đã được kiểm tra. Việc đặt bộ phận KTNB nằm trong bộ phận kế toán (người phụ trách KTNB là bán chuyên trách) sẽ ảnh hưởng đến tính độc lập, khách quan của kiểm toán.
3 1