Lãnh thổ Việt Nam với diện tích 331.689 km2 có trên 3.200 km bờ biển với nhiều khu hệ sinh thái thủy vực đa dạng làm tiền đề cho sự phong phú và đa dạng của nguồn lợi thủy sản. Theo Công ước đa dạng sinh học 1992, đa dạng sinh học nguồn lợi thủy sản Việt Nam bao gồm sự đa dạng di truyền, đa dạng loài và đa dạng các hệ sinh
thái thủy vực…Những nét đặc trưng đa dạng sinh học nguồn lợi thủy sản Việt Nam bao gồm:
(1) Đa dạng các hệ sinh thái thủy vực:
+ Hệ sinh thái biển.
+ Rạn san hô, cỏ biển.
+ Rừng ngập mặn ven biển. + Vùng cửa sông. + Hệ thống sông, suối. + Hồ tự nhiên. + Hồ chứa. + Vùng đất ngập nước. (2)Đa dạng di truyền:
+ Đa dạng di truyền thể hiện ở mức độ đa dạng về kiểu hình của các loài. + Các kiểu gen ở Việt Nam thường có nhiều biến dị, đột biến hoặc biểu hiện kiểu hình phong phú do tính đa dạng và phức tạp của các hệ sinh thái, điều kiện tự nhiên, khí hậu, môi trường khác biệt giữa các vùng miền phân bố
+ Các biểu hiện của kiểu gen ở sinh vật thủy sản Việt Nam rất phong phú, tuy nhiên hiện chưa có nhiều nghiên cứu thống kê trong lĩnh vực này.
(3) Đa dạng loài
(khoảng 130 loài kinh tế) có 2.458 loài; rong biển có 653 loài; động vật phù du có 657 loài; thực vật phù du có 537 loài; thực vật ngập mặn có 94 loài; tôm biển có 225 loài… + Các nghiên cứu về biến động nguồn lợi đă cho thấy danh sách khu hệ cá biển của Việt Nam đến tháng 1/2005 có 2.458 loài, tăng 420 loài so với danh sách được lập năm 1985 (có 2.038 loài) và đã phát hiện thêm 7 loài thú biển mới.
+ Thành phần loài cá các thủy vực nước ngọt nội địa Việt Nam bao gồm trên 700 loài và phân loài, thuộc 228 giống, 57 họ và 18 bộ. Riêng họ cá chép có 276 loài và phân loài thuộc 100 giống và 4 họ, 1 phân họ được coi là đặc hữu ở Việt Nam.
+ Số lượng loài cá ở các cửa sông dao động từ 70 đến hơn 230 loài, với tổng cộng hơn 580 loài, thuộc 109 họ và 27 bộ.
+ Các thủy vực nội địa có 1.438 loài tảo thuộc 259 chi và 9 ngành, 794 loài động vật không xương sống. Có 54 loài giáp xác nhỏ lần đầu tiên được mô tả ở Việt Nam, riêng hai nhóm tôm, cua (giáp xác lớn) có 59 loài thì có tới 33 loài (55,9%) lần đầu tiên được mô tả. Trong tổng số 147 loài trai ốc, có 43 loài (29,2%) lần đầu tiên được mô tả.