Đây là một trong những nhiệm vụ trọng tâm của KTNN được đã được triển khai từ khi mới thành lập. Theo đó qua các năm đến nay định hướng nhiệm vụ của KTNN được xác định là: “Tăng cường kỷ luật, kỷ cương và nâng cao chất lượng kiểm toán, đẩy mạnh kiểm toán hoạt động, tập trung vào các chủ đề được xã hội quan tâm; đẩy mạnh phân cấp trách nhiệm quản lý và cải cách hành chính trong mọi lĩnh vực; đổi mới công tác cán bộ trong toàn ngành”.
Ngoài nhiệm vụ thường xuyên, KTNN đã và sẽ lồng ghép mục tiêu trong tất cả các cuộc kiểm toán để tập trung đánh giá tính kinh tế, hiệu quả, hiệu lực quản lý, sử dụng đất, khai thác và kinh doanh tài nguyên, khoáng
sản; quản lý nhà ở, phát triển đô thị, sử dụng kinh phí sự nghiệp môi trường, chương trình hỗ trợ giảm nghèo…
Trong những năm qua, tổ chức bộ máy, đội ngũ KTNN đã có sự phát triển vượt bậc, không ngừng được củng cố và hoàn thiện hơn. Với khuôn khổ pháp lý dần hoàn thiện, năng lực được tăng cường, hoạt động KTNN ngày càng rộng về qui mô, đa dạng về loại hình và phương thức kiểm toán.
Ngoài việc kiểm toán theo kế hoạch hàng năm, KTNN còn thực hiện nhiều cuộc kiểm toán lớn theo yêu cầu của Ủy ban thường vụ Quốc hội và Chính phủ. Việc kiểm toán các chương trình mục tiêu quốc gia cũng trở thành hoạt động thường xuyên được các Bộ, ngành, nhà tài trợ quốc tế tín nhiệm và đánh giá cao.
Từ khi Luật KTNN có hiệu lực, KTNN đã từng bước mở rộng loại hình kiểm toán hoạt động để đánh giá tính kinh tế, hiệu lực và hiệu quả quản lý, sử dụng ngân sách và tài sản Nhà nước. Từ năm 2008, KTNN đã điều chỉnh mục tiêu, trọng tâm kiểm toán, chú trọng kiểm tra phân tích nguyên nhân lạm phát, đánh giá việc thực hiện trên thực tế các giải pháp của Chính phủ trong chống lạm phát, thực hiện các biện pháp kích cầu đầu tư theo kết luận của Bộ Chính trị và Nghị quyết của Quốc hội.
Cùng với khâu hậu kiểm, những năm gần đây KTNN đã bắt đầu thực hiện hình thức tiền kiểm như thẩm định, trình bày ý kiến về dự toán NSNN, thực hiện kiểm toán các dự án đầu tư từ khi khởi công đến khi đưa công trình vào sử dụng, bên cạnh đó, phương thức kiểm toán chuyên đề ngày càng được chú trọng.
KTNN cũng không ngừng thiết lập và phát triển quan hệ hợp tác với cơ quan kiểm toán tối cao và các tổ chức quốc tế, là thành viên tích cực và có nhiều đóng góp cho cộng đồng kiểm toán quốc tế. Để hoàn thành chức năng, nhiệm vụ được giao trong bối cảnh kinh tế nước ta đang hội nhập ngày càng
sâu rộng, thích ứng với xu thế hiện đại hóa hoạt động kiểm toán hiện nay, KTNN đã trình Ủy ban thường vụ Quốc hội chiến lược phát triển KTNN đến 2015, tầm nhìn đến 2020.
Với những bước tiến quan trọng cả về số lượng và chất lượng, KTNN đã hoàn thành tốt nhiệm vụ, phục vụ kịp thời việc kiểm tra, giám sát trong công tác quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước; phát hiện và ngăn chặn những hành vi vi phạm pháp luật, thực hành tiết kiệm, phòng chống tham nhũng, thất thoát, lãng phí… Đồng thời cung cấp nhiều thông tin xác thực, có chất lượng, giúp Quốc hội có thêm căn cứ để xem xét quyết định các vấn đề liên quan đến NSNN và tài sản công. Kết quả kiểm toán của KTNN đã giúp các cơ quan, đơn vị, địa phương được kiểm toán nhìn nhận, đánh giá đúng thực trạng hoạt động quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước, từ đó góp phần quan trọng vào công tác phòng, chống tham nhũng, lãng phí.
Việc công khai kết quả kiểm toán được thực hiện đúng quy định của Luật KTNN, được nhân dân cũng như các nhà đầu tư, doanh nghiệp rất hoan nghênh.
KTNN khu vực với tư cách là các đơn vị chủ yếu thực hiện kiểm toán các đơn vị sự nghiệp có thu, giữ vị trí quan trọng trong việc tăng cường vai trò quản lý, giám sát của Nhà nước đối với các đơn vị sự nghiệp có thu, đồng thời góp phần quan trọng vào việc quản lý các nguồn thu của NSNN tại các đơn vị này.