Chính quyền các cấp từ tỉnh đến xã đã ủng hộ và đóng vai trò quan trọng trong chỉ đạo và giúp đỡ việc tổ chức thự hiện khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm.
Cù Lao Chàm đã hỗ trợ cộng đồng tham gia tích cực vào hoạt động bảo tồn và phát triển sinh kế thay thế tại địa phương. Thông qua phương thức đồng quản lý, khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm giới thiệu và cộng đồng tiếp nhận một cách tiếp cận mới trong quản lý nguồn lợi trên cơ sở hệ sinh thái một cách kịp thời. Đồng thời khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm đã lồng ghép được các khái niệm về quản lý tổng hợp và quản lý thích ứng vào trong việc quản lý tự nhiên, bảo vệ môi trường tại địa phương. Khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm đã thể hiện được sự đồng thuận cao của cộng đồng trong quy hoạch phân vùng và xây dựng quy chế và kế hoạch quản lý, cũng như sự phê chuẩn của UBND tỉnh Quảng Nam cho các cam kết này của cộng đồng.
Nhằm giảm thiểu sự xâm hại khá thường xuyên, nặng nề do hoạt động khai thác, đánh bắt thuỷ sản của ngư dân địa phương, ban điều hành dự án khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm chia nơi đây thành nhiều khu vực, nhiều
vùng với các chức năng riêng, khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm được chia thành nhiều vùng như vùng bảo vệ nghiêm ngặt, vùng phục hồi sinh thái, vùng phát triển du lịch, vùng khai thác hợp lý và vùng phát triển cộng đồng. Ở từng vùng, ban điều hành dự án lựa chọn các giải pháp phù hợp để nâng cao hiệu quả công tác bảo tồn nhưng vẫn không gây xáo trộn sinh hoạt bình thường của cư dân trên đảo.
Dự án đã gây được sự chú ý khi kết hợp được với các hoạt động quảng bá du lịch, du lịch sinh thái biển, thông qua các hoạt động lễ hội, hội thảo, bồi dưỡng chuyên môn cho đội ngũ cán bộ tuyên truyền, nâng cao nhận thức cho nhân dân về các giá trị sinh thái biển và vai trò của cộng đồng với trách nhiệm bảo vệ nguồn tài nguyên biển.
Có thể thấy hoạt động tham quan, du lịch, nghiên cứu diễn ra khá thường xuyên tại Cù Lao Chàm trong thời gian qua, đã biến hòn đảo khá cách biệt này trở nên sinh động và náo nhiệt hơn. Đời sống của cư dân được cải thiện đáng kể nhờ vào các hoạt động dịch vụ đang dần hình thành.
Tuy nhiên thực tế cho thấy, các khu bảo tồn biển hiện có ở Việt Nam đều nằm ở những khu vực rất nhỏ và quy mô khá hạn chế, khoảng vài chục đến vài trăm ha. Những khu bảo tồn này rất dễ bị xâm hại bởi các yếu tố tác động từ bên ngoài và từ các khu vực lân cận.