Xây dựng các hệ thống xử lí chất thải sinh hoạt của người dân và khách du lịch. Thiết kế các thùng rác với những hình ảnh vui nhộn và mang tính chất tuyên truyền nhằm giảm thiểu lương chất thải ra bên ngoài. Hiện nay một vấn đề tiên tiến ở Cù Lao Chàm là việc sử dụng bao giấy thay thế cho bao ni lông, đó cũng là một giải pháp rất tốt mà các nơi khác đang
hướng theo.
Tuyên truyền và nâng cao ý thức cho người dân về việc bảo vệ môi trường nước, các loại sinh vật dưới biển có nguy cơ bị hủy duyệt trong tương lai. Triển khai cho người dân về việc khai thác lâm sản và các loại
thủy hải sản một cách hợp lí, không khai thác bừa bãi và khai thác theo mùa. Nâng cao ý thức cho người dân về lợi ích của du lịch đem lại cho họ, đồng thời là một ngành kinh tế phát triển đất nước.
Việc bảo vệ và phát triển hệ thống san hô, hệ thống sinh vật ở đây rất cần thiết. Ông Phạm Thành Hồng Lĩnh, Phó Giám đốc ban quản lý khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm cho biết, thời gian tới, việc phục hồi san hô cần được tiến hành song song với việc phục hồi các đối tượng thủy sinh khác cùng sinh sống chung một môi trường. “Việc di dời quần thể san hô và các đối tượng sinh vật sống chung ra bên ngoài vùng bảo vệ nghiêm ngặt là điều rất cần thiết. Điều này sẽ làm tăng thêm số lượng và thúc đẩy nhanh quá trình phục hồi. Việc lựa chọn các giống loài san hô có khả năng chịu đục và đặc biệt là chống chọi được với các tác động bất lợi là điều rất quan trọng để bảo vệ đa dạng sinh học tại Khu Bảo tồn biển Cù Lao Chàm” - ông Lĩnh nói.