IV. Các biện pháp xử lý vướng mắc và phương hướng sắp tới 1.Về phương pháp tính thuế GTGT.
4. Về khấu trừ thuế.
Hầu hết các nước áp dụng phương pháp khấu trừ thuế đều sử dụng phương pháp lấy thuế đầu ra trừ thuế đầu vao. Nếu hoá đơn đầu vào không ghi số thuế GTGT thì không được khấu trừ. ậ nước ta trong các văn bản luật mới ban hành đã qui định cho khấu trừ thuế GTGT đầu vào (1% đến 5%) nhưng chỉ áp dụng đối với hàng hoá nông, lâm hải sản mua trực tiếp của người sản xuất không có hoá đơn, nhưng có bản kê. Sau gần 9 tháng thực hiện, Chính phủ ban hành Nghị định 78/1999 - NĐ - CP cho phép khấu trừ thuế đầu vào đôi với cả phế liệu (3% đến 5%), đối với hàng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt đầu vào (4%) và tất cả hàng hoá, dịch vụ đầu vào khác có hoá đơn hàng hoá thông thường được khấu trừ 3%. Việc cho khấu trừ thuế đầu vào lại phát sinh những vướng mắc như: Có nhiều tỷ lệ khấu trừ khác nhau nên rất phức tạp trong quá trình thực hiện và không khuyến khích sử dụng hoá đơn chứng từ. Đối với hàng hoá nông, lâm, hải sản không cần hoá đơn, chỉ cần bản kê dẫn tới có trường hợp cơ sở sản xuất mua của người kinh doanh buôn chuyến, người thu gom trốn thuế, các doanh nghiệp không lấy hoá đơn bán hàng, tạo kẽ hở để cơ sở kinh doanh buôn chuyến, người thu gom trốn thuế. Các doanh nghiệp mua nông, lâm, hải sản sau đó sơ chế bán hàng trong nước thì được khấu trừ thuế nhưng nếu xuất khẩu lại không được trừ thuế đầu vào.
Giải pháp trước mắt khi vẫn còn sử dụng 2 phương pháp tính thuế và các mức thuế suất như hiện nay:
Đối với hàng hoá, dịch vụ đầu vào mua của người trực tiếp sản xuất kinh doanh không có hoá đơn, chỉ có bản kê, được khấu trừ 3% trên giá trị hàng hoá, dịch vụ, kể cả mua để xuất khẩu và chế biến hàng xuất khẩu.
Đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT mua của người kinh doanh có hoá đơn bán hàng thông thương, kể cà hàng hoá của cơ sở sản xuất thuộc diện tính thuế tiêu thụ đặc biệt, thì được khấu trừ 4% trên giá trị hàng hoá mua vào.
Cho phép khấu trừ hoặc hoàn lại thuế GTGT trong trường hợp giao hàng hoặc cung ứng dịch vụ bị huỷ bỏ, sau khi đã chấp nhận trả tiền của người mua hoặc trường
hợp giảm giá, các khoản thu không đòi, được xử lý có đầy đủ chứng tà hợp lệ.
Giải pháp lâu dài: Khi dã áp dụng một phương pháp tính thuế và 2 mức thuế suất như kiến nghị ở trên thì toàn bộ giá trị hàng hoá, dịch vụ đầu vào không thuộc diện tính thuế GTGT mà đầu ra tính thuế GTGT thì sẽ được khấu trừ 4% giá trị trên bản kê hoặc hoá đơn thông thường tính cho cả những hàng hoá, dịch vụ bán trong nước, xuất khẩu hoặc chế biến hàng xuất khẩu.