III. Một số vướng mắc chính trong quá trình thực hiện.
1. Vào thời điểm giao thời của sự thay đổi luật thuế:
Sự vận động của nền kinh tế thị trường tất yếu đòi hỏi sự cận động của hệ thống chính sách thuế đẻe đảm bảo sự phù hợp của hệ thống thuế và lấp đi những kẽ hở để đối tượng nộp thuế lợi dụng, tuy nhiên chính thời điểm thay đổi của một chính sách thuế đôi khi tạo ra những kẽ hở mới cho cacs đối tượng nộp thuế lách qua.
Vào thời điểm gần đây, khi luật thuế GTGT ra đời với thuế suất đầu ra tương đối cao thay vì cho hàng loạt các hoạt động có thuế suất thấp (1% đến 2%..) tại thời điểm 1/1/1999. Chính vì lý do này, hàng loạt các công trình xây dựng cơ bản, các công ty sản xuất kinh doanh ... đều cố gáng bằng cách này hay cách khác tăng khối lượng công trình hoàn thành bàn giao, tăng cường xác nhận các hợp đồng mua bán hoặc xuất hoá đơn bán hàng để có thể tránh được thuế GTGT với một mưcs thuế xuất đầu ra cao hơn rất nhiều. Những biểu hiện đó, ngoài việc làm ảnha hưởng lớn đến số thu của Nhà nước, còn làm giảm tính pháp lý, tínhcông bằng của hệ thống thuế. Sự thay đổi của hệ thống luật thuế là tất yếu đối với một nước có nền kinh tê đang phát triển và thường xuyên biến động. Tuy nhiên trên cơ sở biểu hiện này để có thể nghiên cứu, xây dựng một hệ thống chính sách sao cho những tác động xấu của chúng là nhỏ nhất đối với nền kinh tế.
Đồng thời với việc ban hành một sự thay đổi của luật thuế, Bộ tài chính, Tổng cục thuế phải nghiên cứu cà đưa ra các phương án cụ thể để hạn chế tối đa việc lợi dụng sự thay đôỉ này. Ví dụ tại thời điểm 1/1/1999, khi luật thuế GTGT bắt đầu có hiệu lực, Bộ tài chính có thể qui định tất cả các doanh nghiệp tổng kiểm tra kê kho vật liệu, kho thành phẩm có sự giám sát của cơ quan tài chính, tổng kiểm kê toàn bộ hoá đơn chứng từ do Bộ tài chính ban hành tại thời điểm 1/1/1999, tất cả các việc đó phải tiến hành đồng bộ, hàng loạt và tức thời. Khi đó sẽ hạn chế được một phần lớn thất tháo trong quá trình này.